分析流程
方法：从整体到分子，再到调控候选，共 8 层分析。
结果：每层结果都按比较组和全局两种方式保存。
| 层次 | 分析内容 | 回答的问题 |
|---|---|---|
| 整体关联 | PCA、Procrustes、Mantel、RV、Co-inertia | 两组学样本结构是否一致 |
| 差异层 | 差异计数、UpSet、双组学火山图 | 45 个比较的变化规模 |
| 通路层 | KEGG 共富集、GSEA/MSEA、通路图着色、通路活性耦合 | 哪些通路两组学同时变化 |
| 分子层 | 相关性、九象限、热图、网络、弦图、相关基因富集 | 哪些基因和代谢物一起变化 |
| 已知关系 | KEGG 反应配对、方向一致性 | 相关之外的生化依据 |
| 模型层 | O2PLS、CCA、PLS、RDA、DIABLO、MOFA | 两组学共享和特有的变异 |
| 网络与动态 | WGCNA、Mfuzz、k-means | 共表达模块和跨水平趋势 |
| 调控与核心 | TF-代谢物、GENIE3、三元组、综合评分 | 调控假设和优先候选 |