通路活性耦合
方法：分别计算每条通路在基因层和代谢层的活性分数，再看两者是否同步。
结果：62 条通路可评估，3 条耦合显著（FDR<0.05）。
通路活性热图PDF数据
全部通路耦合结果下载全表| pid | name | r | r_within | p_perm | fdr | n_gene | n_met | class_b |
|---|
| 00901 | Indole alkaloid biosynthesis | -0.6237 | -0.4664 | 0.000999 | 0.03097 | 9 | 4 | Biosynthesis of other secondary metabolites |
| 00500 | Starch and sucrose metabolism | -0.6186 | -0.2909 | 0.000999 | 0.03097 | 113 | 10 | Carbohydrate metabolism |
| 00660 | C5-Branched dibasic acid metabolism | 0.6294 | 0.2272 | 0.001998 | 0.04129 | 7 | 6 | Carbohydrate metabolism |
| 00566 | Sulfoquinovose metabolism | -0.4775 | -0.00286 | 0.006993 | 0.0991 | 11 | 3 | Carbohydrate metabolism |
| 00941 | Flavonoid biosynthesis | 0.4621 | 0.06848 | 0.007992 | 0.0991 | 29 | 14 | Biosynthesis of other secondary metabolites |
| 04148 | Efferocytosis | -0.4127 | -0.07663 | 0.02498 | 0.2245 | 46 | 5 | Transport and catabolism |
| 00290 | Valine, leucine and isoleucine biosynthesis | 0.3975 | 0.2918 | 0.02597 | 0.2245 | 19 | 4 | Amino acid metabolism |
| 00561 | Glycerolipid metabolism | -0.4142 | 0.2284 | 0.02897 | 0.2245 | 88 | 4 | Lipid metabolism |
| 00970 | Aminoacyl-tRNA biosynthesis | 0.3838 | 0.1824 | 0.03596 | 0.2365 | 60 | 17 | Translation |
| 00040 | Pentose and glucuronate interconversions | 0.3881 | 0.293 | 0.03996 | 0.2365 | 87 | 8 | Carbohydrate metabolism |
| 00600 | Sphingolipid metabolism | -0.3862 | -0.4454 | 0.04196 | 0.2365 | 55 | 6 | Lipid metabolism |
| 02010 | ABC transporters | 0.3746 | -0.1015 | 0.05095 | 0.2632 | 56 | 45 | Membrane transport |
| 00010 | Glycolysis / Gluconeogenesis | -0.3429 | -0.2567 | 0.05694 | 0.2716 | 134 | 3 | Carbohydrate metabolism |
| 00410 | beta-Alanine metabolism | -0.3435 | 0.1168 | 0.06793 | 0.3008 | 55 | 5 | Metabolism of other amino acids |
| 00052 | Galactose metabolism | -0.3228 | 0.2232 | 0.07493 | 0.3097 | 66 | 20 | Carbohydrate metabolism |
| 04082 | Neuroactive ligand signaling | -0.3007 | 0.01676 | 0.0989 | 0.3832 | 12 | 6 | Signaling molecules and interaction |
| 00240 | Pyrimidine metabolism | -0.2978 | 0.141 | 0.1139 | 0.3893 | 74 | 13 | Nucleotide metabolism |
| 00940 | Phenylpropanoid biosynthesis | -0.2966 | -0.172 | 0.1149 | 0.3893 | 106 | 11 | Biosynthesis of other secondary metabolites |
| 00760 | Nicotinate and nicotinamide metabolism | -0.291 | 0.01953 | 0.1299 | 0.3893 | 24 | 6 | Metabolism of cofactors and vitamins |
| 00310 | Lysine degradation | -0.2797 | 0.1622 | 0.1319 | 0.3893 | 48 | 7 | Amino acid metabolism |
| 00430 | Taurine and hypotaurine metabolism | -0.2714 | -0.08753 | 0.1319 | 0.3893 | 9 | 5 | Metabolism of other amino acids |
| 00480 | Glutathione metabolism | 0.26 | 0.335 | 0.1499 | 0.4223 | 90 | 3 | Metabolism of other amino acids |
| 00350 | Tyrosine metabolism | -0.258 | -0.1927 | 0.1718 | 0.4632 | 47 | 6 | Amino acid metabolism |
| 00220 | Arginine biosynthesis | 0.2601 | 0.1998 | 0.1808 | 0.4671 | 41 | 8 | Amino acid metabolism |
| 00908 | Zeatin biosynthesis | -0.2498 | 0.07909 | 0.1918 | 0.4755 | 19 | 9 | Metabolism of terpenoids and polyketides |
| 00562 | Inositol phosphate metabolism | 0.2358 | 0.2775 | 0.2128 | 0.4755 | 66 | 4 | Carbohydrate metabolism |
| 00460 | Cyanoamino acid metabolism | 0.2245 | 0.3169 | 0.2288 | 0.4755 | 24 | 10 | Metabolism of other amino acids |
| 00564 | Glycerophospholipid metabolism | 0.2264 | 0.3532 | 0.2338 | 0.4755 | 110 | 6 | Lipid metabolism |
| 00920 | Sulfur metabolism | 0.2199 | -0.1646 | 0.2338 | 0.4755 | 36 | 7 | Energy metabolism |
| 00250 | Alanine, aspartate and glutamate metabolism | 0.2219 | 0.2376 | 0.2388 | 0.4755 | 51 | 8 | Amino acid metabolism |
| 00340 | Histidine metabolism | 0.2129 | 0.4244 | 0.2488 | 0.4755 | 28 | 8 | Amino acid metabolism |
| 00750 | Vitamin B6 metabolism | 0.2221 | 0.5284 | 0.2498 | 0.4755 | 12 | 3 | Metabolism of cofactors and vitamins |
| 00944 | Flavone and flavonol biosynthesis | 0.2158 | 0.07599 | 0.2577 | 0.4755 | 6 | 10 | Biosynthesis of other secondary metabolites |
| 00190 | Oxidative phosphorylation | 0.2111 | 0.07614 | 0.2607 | 0.4755 | 131 | 4 | Energy metabolism |
| 00470 | D-Amino acid metabolism | -0.2088 | -0.1825 | 0.2807 | 0.4973 | 7 | 21 | Metabolism of other amino acids |
| 00330 | Arginine and proline metabolism | 0.2066 | -0.1342 | 0.2907 | 0.5007 | 52 | 9 | Amino acid metabolism |
| 00360 | Phenylalanine metabolism | -0.1968 | -0.2406 | 0.2997 | 0.5022 | 35 | 9 | Amino acid metabolism |
| 00130 | Ubiquinone and other terpenoid-quinone biosynthesis | 0.1853 | -0.07699 | 0.3117 | 0.5085 | 55 | 3 | Metabolism of cofactors and vitamins |
| 00950 | Isoquinoline alkaloid biosynthesis | 0.174 | -0.2479 | 0.3626 | 0.5698 | 25 | 7 | Biosynthesis of other secondary metabolites |
| 00020 | Citrate cycle (TCA cycle) | 0.1618 | -0.2166 | 0.3676 | 0.5698 | 64 | 6 | Carbohydrate metabolism |
| 00051 | Fructose and mannose metabolism | 0.1601 | 0.07168 | 0.3916 | 0.5922 | 74 | 10 | Carbohydrate metabolism |
| 00966 | Glucosinolate metabolism | -0.1452 | -0.2298 | 0.4416 | 0.6207 | 8 | 4 | Biosynthesis of other secondary metabolites |
| 00230 | Purine metabolism | 0.1387 | -0.09894 | 0.4505 | 0.6207 | 81 | 12 | Nucleotide metabolism |
| 00300 | Lysine biosynthesis | 0.1424 | 0.1165 | 0.4545 | 0.6207 | 18 | 6 | Amino acid metabolism |
| 00380 | Tryptophan metabolism | 0.1434 | -0.3383 | 0.4575 | 0.6207 | 51 | 6 | Amino acid metabolism |
| 00945 | Stilbenoid, diarylheptanoid and gingerol biosynthesis | 0.154 | 0.04794 | 0.4605 | 0.6207 | 15 | 3 | Biosynthesis of other secondary metabolites |
| 00280 | Valine, leucine and isoleucine degradation | 0.1376 | 0.004492 | 0.4785 | 0.6312 | 69 | 5 | Amino acid metabolism |
| 00650 | Butanoate metabolism | 0.1322 | 0.1076 | 0.5025 | 0.6491 | 16 | 5 | Carbohydrate metabolism |
| 00400 | Phenylalanine, tyrosine and tryptophan biosynthesis | -0.1322 | -0.323 | 0.5135 | 0.6497 | 40 | 8 | Amino acid metabolism |
| 00860 | Porphyrin metabolism | 0.1067 | 0.5027 | 0.5654 | 0.6886 | 59 | 4 | Metabolism of cofactors and vitamins |
| 00260 | Glycine, serine and threonine metabolism | -0.1121 | 0.006709 | 0.5664 | 0.6886 | 76 | 12 | Amino acid metabolism |
| 00630 | Glyoxylate and dicarboxylate metabolism | 0.08344 | -0.0119 | 0.6444 | 0.7683 | 92 | 13 | Carbohydrate metabolism |
| 00999 | Biosynthesis of various plant secondary metabolites | -0.08776 | 0.047 | 0.6593 | 0.7713 | 25 | 8 | Biosynthesis of other secondary metabolites |
| 00261 | Monobactam biosynthesis | 0.07895 | -0.08526 | 0.6973 | 0.8006 | 10 | 5 | Biosynthesis of other secondary metabolites |
| 00520 | Amino sugar and nucleotide sugar metabolism | -0.07191 | -0.05861 | 0.7193 | 0.8108 | 130 | 13 | Glycan biosynthesis and metabolism |
| 00770 | Pantothenate and CoA biosynthesis | 0.04105 | 0.189 | 0.8152 | 0.8986 | 47 | 3 | Metabolism of cofactors and vitamins |
| 00053 | Ascorbate and aldarate metabolism | 0.04773 | -0.04914 | 0.8262 | 0.8986 | 59 | 11 | Carbohydrate metabolism |
| 00960 | Tropane, piperidine and pyridine alkaloid biosynthesis | 0.0324 | -0.0102 | 0.8591 | 0.9184 | 30 | 9 | Biosynthesis of other secondary metabolites |
| 00670 | One carbon pool by folate | 0.01316 | -0.01636 | 0.952 | 0.981 | 46 | 7 | Metabolism of cofactors and vitamins |
| 00030 | Pentose phosphate pathway | -0.01088 | 0.02618 | 0.959 | 0.981 | 54 | 3 | Carbohydrate metabolism |
| 00270 | Cysteine and methionine metabolism | 0.007503 | -0.212 | 0.975 | 0.981 | 129 | 12 | Amino acid metabolism |
| 00620 | Pyruvate metabolism | -0.003555 | -0.01808 | 0.981 | 0.981 | 108 | 3 | Carbohydrate metabolism |
每条通路
通路活性耦合
分析目的
跳过单分子配对，直接看通路层面基因和代谢物是否同涨同落。
输入数据
两组学都有 ≥3 个分子的通路；过滤后的基因和全部代谢物。
分析方法
通路内分子 z-score 后取均值作为活性分数；计算 30 样本相关和组内相关，打乱样本标签 1000 次得到 P，BH 校正。
结果怎么看
r 高且组内 r 也高最可靠；r 高但组内 r 接近 0，说明同步主要来自组间差异。
通路耦合总览
注：横坐标是 30 样本耦合 r，纵坐标是组内耦合 r，点大小是通路分子数，红色为 FDR<0.05。
通路活性热图
注：G_ 列为基因层，M_ 列为代谢层，每行 z-score，按耦合 r 从高到低排列。
全部通路耦合结果
r 30 样本耦合；r_within 组内耦合；p_perm 置换 P；fdr BH 校正；n_gene、n_met 纳入分子数。
ko00290 Valine, leucine and isoleucine biosynthesis
注：左为基因层（实线）和代谢层（虚线）活性随水平的变化，红、蓝为 R、Y；右为 30 样本散点。
ko00310 Lysine degradation
注：左为基因层（实线）和代谢层（虚线）活性随水平的变化，红、蓝为 R、Y；右为 30 样本散点。
ko00350 Tyrosine metabolism
注：左为基因层（实线）和代谢层（虚线）活性随水平的变化，红、蓝为 R、Y；右为 30 样本散点。
ko00220 Arginine biosynthesis
注：左为基因层（实线）和代谢层（虚线）活性随水平的变化，红、蓝为 R、Y；右为 30 样本散点。
ko00250 Alanine, aspartate and glutamate metabolism
注：左为基因层（实线）和代谢层（虚线）活性随水平的变化，红、蓝为 R、Y；右为 30 样本散点。
ko00340 Histidine metabolism
注：左为基因层（实线）和代谢层（虚线）活性随水平的变化，红、蓝为 R、Y；右为 30 样本散点。
ko00330 Arginine and proline metabolism
注：左为基因层（实线）和代谢层（虚线）活性随水平的变化，红、蓝为 R、Y；右为 30 样本散点。
ko00360 Phenylalanine metabolism
注：左为基因层（实线）和代谢层（虚线）活性随水平的变化，红、蓝为 R、Y；右为 30 样本散点。
ko00300 Lysine biosynthesis
注：左为基因层（实线）和代谢层（虚线）活性随水平的变化，红、蓝为 R、Y；右为 30 样本散点。
ko00380 Tryptophan metabolism
注：左为基因层（实线）和代谢层（虚线）活性随水平的变化，红、蓝为 R、Y；右为 30 样本散点。
ko00280 Valine, leucine and isoleucine degradation
注：左为基因层（实线）和代谢层（虚线）活性随水平的变化，红、蓝为 R、Y；右为 30 样本散点。
ko00400 Phenylalanine, tyrosine and tryptophan biosynthesis
注：左为基因层（实线）和代谢层（虚线）活性随水平的变化，红、蓝为 R、Y；右为 30 样本散点。
ko00260 Glycine, serine and threonine metabolism
注：左为基因层（实线）和代谢层（虚线）活性随水平的变化，红、蓝为 R、Y；右为 30 样本散点。
ko00270 Cysteine and methionine metabolism
注：左为基因层（实线）和代谢层（虚线）活性随水平的变化，红、蓝为 R、Y；右为 30 样本散点。
ko00901 Indole alkaloid biosynthesis
注：左为基因层（实线）和代谢层（虚线）活性随水平的变化，红、蓝为 R、Y；右为 30 样本散点。
ko00941 Flavonoid biosynthesis
注：左为基因层（实线）和代谢层（虚线）活性随水平的变化，红、蓝为 R、Y；右为 30 样本散点。
ko00940 Phenylpropanoid biosynthesis
注：左为基因层（实线）和代谢层（虚线）活性随水平的变化，红、蓝为 R、Y；右为 30 样本散点。
ko00944 Flavone and flavonol biosynthesis
注：左为基因层（实线）和代谢层（虚线）活性随水平的变化，红、蓝为 R、Y；右为 30 样本散点。
ko00950 Isoquinoline alkaloid biosynthesis
注：左为基因层（实线）和代谢层（虚线）活性随水平的变化，红、蓝为 R、Y；右为 30 样本散点。
ko00966 Glucosinolate metabolism
注：左为基因层（实线）和代谢层（虚线）活性随水平的变化，红、蓝为 R、Y；右为 30 样本散点。
ko00945 Stilbenoid, diarylheptanoid and gingerol biosynthesis
注：左为基因层（实线）和代谢层（虚线）活性随水平的变化，红、蓝为 R、Y；右为 30 样本散点。
ko00999 Biosynthesis of various plant secondary metabolites
注：左为基因层（实线）和代谢层（虚线）活性随水平的变化，红、蓝为 R、Y；右为 30 样本散点。
ko00261 Monobactam biosynthesis
注：左为基因层（实线）和代谢层（虚线）活性随水平的变化，红、蓝为 R、Y；右为 30 样本散点。
ko00960 Tropane, piperidine and pyridine alkaloid biosynthesis
注：左为基因层（实线）和代谢层（虚线）活性随水平的变化，红、蓝为 R、Y；右为 30 样本散点。
ko00500 Starch and sucrose metabolism
注：左为基因层（实线）和代谢层（虚线）活性随水平的变化，红、蓝为 R、Y；右为 30 样本散点。
ko00660 C5-Branched dibasic acid metabolism
注：左为基因层（实线）和代谢层（虚线）活性随水平的变化，红、蓝为 R、Y；右为 30 样本散点。
ko00566 Sulfoquinovose metabolism
注：左为基因层（实线）和代谢层（虚线）活性随水平的变化，红、蓝为 R、Y；右为 30 样本散点。
ko00040 Pentose and glucuronate interconversions
注：左为基因层（实线）和代谢层（虚线）活性随水平的变化，红、蓝为 R、Y；右为 30 样本散点。
ko00010 Glycolysis / Gluconeogenesis
注：左为基因层（实线）和代谢层（虚线）活性随水平的变化，红、蓝为 R、Y；右为 30 样本散点。
ko00052 Galactose metabolism
注：左为基因层（实线）和代谢层（虚线）活性随水平的变化，红、蓝为 R、Y；右为 30 样本散点。
ko00562 Inositol phosphate metabolism
注：左为基因层（实线）和代谢层（虚线）活性随水平的变化，红、蓝为 R、Y；右为 30 样本散点。
ko00020 Citrate cycle (TCA cycle)
注：左为基因层（实线）和代谢层（虚线）活性随水平的变化，红、蓝为 R、Y；右为 30 样本散点。
ko00051 Fructose and mannose metabolism
注：左为基因层（实线）和代谢层（虚线）活性随水平的变化，红、蓝为 R、Y；右为 30 样本散点。
ko00650 Butanoate metabolism
注：左为基因层（实线）和代谢层（虚线）活性随水平的变化，红、蓝为 R、Y；右为 30 样本散点。
ko00630 Glyoxylate and dicarboxylate metabolism
注：左为基因层（实线）和代谢层（虚线）活性随水平的变化，红、蓝为 R、Y；右为 30 样本散点。
ko00053 Ascorbate and aldarate metabolism
注：左为基因层（实线）和代谢层（虚线）活性随水平的变化，红、蓝为 R、Y；右为 30 样本散点。
ko00030 Pentose phosphate pathway
注：左为基因层（实线）和代谢层（虚线）活性随水平的变化，红、蓝为 R、Y；右为 30 样本散点。
ko00620 Pyruvate metabolism
注：左为基因层（实线）和代谢层（虚线）活性随水平的变化，红、蓝为 R、Y；右为 30 样本散点。
ko00920 Sulfur metabolism
注：左为基因层（实线）和代谢层（虚线）活性随水平的变化，红、蓝为 R、Y；右为 30 样本散点。
ko00190 Oxidative phosphorylation
注：左为基因层（实线）和代谢层（虚线）活性随水平的变化，红、蓝为 R、Y；右为 30 样本散点。
ko00520 Amino sugar and nucleotide sugar metabolism
注：左为基因层（实线）和代谢层（虚线）活性随水平的变化，红、蓝为 R、Y；右为 30 样本散点。
ko00561 Glycerolipid metabolism
注：左为基因层（实线）和代谢层（虚线）活性随水平的变化，红、蓝为 R、Y；右为 30 样本散点。
ko00600 Sphingolipid metabolism
注：左为基因层（实线）和代谢层（虚线）活性随水平的变化，红、蓝为 R、Y；右为 30 样本散点。
ko00564 Glycerophospholipid metabolism
注：左为基因层（实线）和代谢层（虚线）活性随水平的变化，红、蓝为 R、Y；右为 30 样本散点。
ko02010 ABC transporters
注：左为基因层（实线）和代谢层（虚线）活性随水平的变化，红、蓝为 R、Y；右为 30 样本散点。
ko00760 Nicotinate and nicotinamide metabolism
注：左为基因层（实线）和代谢层（虚线）活性随水平的变化，红、蓝为 R、Y；右为 30 样本散点。
ko00750 Vitamin B6 metabolism
注：左为基因层（实线）和代谢层（虚线）活性随水平的变化，红、蓝为 R、Y；右为 30 样本散点。
ko00130 Ubiquinone and other terpenoid-quinone biosynthesis
注：左为基因层（实线）和代谢层（虚线）活性随水平的变化，红、蓝为 R、Y；右为 30 样本散点。
ko00860 Porphyrin metabolism
注：左为基因层（实线）和代谢层（虚线）活性随水平的变化，红、蓝为 R、Y；右为 30 样本散点。
ko00770 Pantothenate and CoA biosynthesis
注：左为基因层（实线）和代谢层（虚线）活性随水平的变化，红、蓝为 R、Y；右为 30 样本散点。
ko00670 One carbon pool by folate
注：左为基因层（实线）和代谢层（虚线）活性随水平的变化，红、蓝为 R、Y；右为 30 样本散点。
ko00410 beta-Alanine metabolism
注：左为基因层（实线）和代谢层（虚线）活性随水平的变化，红、蓝为 R、Y；右为 30 样本散点。
ko00430 Taurine and hypotaurine metabolism
注：左为基因层（实线）和代谢层（虚线）活性随水平的变化，红、蓝为 R、Y；右为 30 样本散点。
ko00480 Glutathione metabolism
注：左为基因层（实线）和代谢层（虚线）活性随水平的变化，红、蓝为 R、Y；右为 30 样本散点。
ko00460 Cyanoamino acid metabolism
注：左为基因层（实线）和代谢层（虚线）活性随水平的变化，红、蓝为 R、Y；右为 30 样本散点。
ko00470 D-Amino acid metabolism
注：左为基因层（实线）和代谢层（虚线）活性随水平的变化，红、蓝为 R、Y；右为 30 样本散点。
ko00908 Zeatin biosynthesis
注：左为基因层（实线）和代谢层（虚线）活性随水平的变化，红、蓝为 R、Y；右为 30 样本散点。
ko00240 Pyrimidine metabolism
注：左为基因层（实线）和代谢层（虚线）活性随水平的变化，红、蓝为 R、Y；右为 30 样本散点。
ko00230 Purine metabolism
注：左为基因层（实线）和代谢层（虚线）活性随水平的变化，红、蓝为 R、Y；右为 30 样本散点。
ko04082 Neuroactive ligand signaling
注：左为基因层（实线）和代谢层（虚线）活性随水平的变化，红、蓝为 R、Y；右为 30 样本散点。
ko00970 Aminoacyl-tRNA biosynthesis
注：左为基因层（实线）和代谢层（虚线）活性随水平的变化，红、蓝为 R、Y；右为 30 样本散点。
ko04148 Efferocytosis
注：左为基因层（实线）和代谢层（虚线）活性随水平的变化，红、蓝为 R、Y；右为 30 样本散点。