KEGG 联合富集
方法:差异基因、差异代谢物分别做超几何检验,再用 Fisher 法合并 P。
结果:25 个比较有联合显著通路;14 条通路至少在 1 个比较中联合显著,次数最多的是 Flavonoid biosynthesis(15 个比较)。
方法:差异基因、差异代谢物分别做超几何检验,再用 Fisher 法合并 P。
结果:25 个比较有联合显著通路;14 条通路至少在 1 个比较中联合显著,次数最多的是 Flavonoid biosynthesis(15 个比较)。
找到差异基因和差异代谢物同时指向的通路。
差异基因、差异代谢物、KEGG ko 层级通路映射;去掉总览图和与植物无关的通路类别。
基因背景为注释到纳入通路的全部基因,代谢物背景同理;通路只保留 KEGG 里 7 种代表植物有的通路,并排除甜菜红素通路(只见于石竹目);分全部、上调、下调三种方向。Fisher 合并两边 P,BH 校正。“共映射”两边都有差异分子;“共富集”两边各 P<0.05 且各至少 2 个差异分子;“联合显著”共映射且合并 FDR<0.05。
优先看“共富集”,再看“联合显著”。一边极显著时合并 P 也可能显著,所以要同时看两边各自的 P。
注:纵坐标是通路,按 Fisher 合并 P 取前 30 条;横坐标是富集比例;圆形为基因、三角为代谢物;颜色越红越显著,点越大差异分子越多。
注:横坐标是 -log10(P),虚线为 P=0.05。三种颜色分别是基因、代谢物和 Fisher 合并结果。
通路列含义:n_gene、n_met 为差异分子数;bg_gene、bg_met 为通路内背景分子数;p_gene、p_met 为超几何检验 P;p_joint 为 Fisher 合并 P,fdr_joint 为其 BH 校正值;co_mapped 为两边都有差异分子,co_enriched 为两边各自 P<0.05 且各至少 2 个差异分子,joint_sig 为共映射且 fdr_joint<0.05;direction 为 all、up、down。
注:纵坐标是通路,按 Fisher 合并 P 取前 30 条;横坐标是富集比例;圆形为基因、三角为代谢物;颜色越红越显著,点越大差异分子越多。
注:横坐标是 -log10(P),虚线为 P=0.05。三种颜色分别是基因、代谢物和 Fisher 合并结果。
通路列含义:n_gene、n_met 为差异分子数;bg_gene、bg_met 为通路内背景分子数;p_gene、p_met 为超几何检验 P;p_joint 为 Fisher 合并 P,fdr_joint 为其 BH 校正值;co_mapped 为两边都有差异分子,co_enriched 为两边各自 P<0.05 且各至少 2 个差异分子,joint_sig 为共映射且 fdr_joint<0.05;direction 为 all、up、down。
注:纵坐标是通路,按 Fisher 合并 P 取前 30 条;横坐标是富集比例;圆形为基因、三角为代谢物;颜色越红越显著,点越大差异分子越多。
注:横坐标是 -log10(P),虚线为 P=0.05。三种颜色分别是基因、代谢物和 Fisher 合并结果。
通路列含义:n_gene、n_met 为差异分子数;bg_gene、bg_met 为通路内背景分子数;p_gene、p_met 为超几何检验 P;p_joint 为 Fisher 合并 P,fdr_joint 为其 BH 校正值;co_mapped 为两边都有差异分子,co_enriched 为两边各自 P<0.05 且各至少 2 个差异分子,joint_sig 为共映射且 fdr_joint<0.05;direction 为 all、up、down。
注:纵坐标是通路,按 Fisher 合并 P 取前 30 条;横坐标是富集比例;圆形为基因、三角为代谢物;颜色越红越显著,点越大差异分子越多。
注:横坐标是 -log10(P),虚线为 P=0.05。三种颜色分别是基因、代谢物和 Fisher 合并结果。
通路列含义:n_gene、n_met 为差异分子数;bg_gene、bg_met 为通路内背景分子数;p_gene、p_met 为超几何检验 P;p_joint 为 Fisher 合并 P,fdr_joint 为其 BH 校正值;co_mapped 为两边都有差异分子,co_enriched 为两边各自 P<0.05 且各至少 2 个差异分子,joint_sig 为共映射且 fdr_joint<0.05;direction 为 all、up、down。
注:纵坐标是通路,按 Fisher 合并 P 取前 30 条;横坐标是富集比例;圆形为基因、三角为代谢物;颜色越红越显著,点越大差异分子越多。
注:横坐标是 -log10(P),虚线为 P=0.05。三种颜色分别是基因、代谢物和 Fisher 合并结果。
通路列含义:n_gene、n_met 为差异分子数;bg_gene、bg_met 为通路内背景分子数;p_gene、p_met 为超几何检验 P;p_joint 为 Fisher 合并 P,fdr_joint 为其 BH 校正值;co_mapped 为两边都有差异分子,co_enriched 为两边各自 P<0.05 且各至少 2 个差异分子,joint_sig 为共映射且 fdr_joint<0.05;direction 为 all、up、down。
注:纵坐标是通路,按 Fisher 合并 P 取前 30 条;横坐标是富集比例;圆形为基因、三角为代谢物;颜色越红越显著,点越大差异分子越多。
注:横坐标是 -log10(P),虚线为 P=0.05。三种颜色分别是基因、代谢物和 Fisher 合并结果。
通路列含义:n_gene、n_met 为差异分子数;bg_gene、bg_met 为通路内背景分子数;p_gene、p_met 为超几何检验 P;p_joint 为 Fisher 合并 P,fdr_joint 为其 BH 校正值;co_mapped 为两边都有差异分子,co_enriched 为两边各自 P<0.05 且各至少 2 个差异分子,joint_sig 为共映射且 fdr_joint<0.05;direction 为 all、up、down。
注:纵坐标是通路,按 Fisher 合并 P 取前 30 条;横坐标是富集比例;圆形为基因、三角为代谢物;颜色越红越显著,点越大差异分子越多。
注:横坐标是 -log10(P),虚线为 P=0.05。三种颜色分别是基因、代谢物和 Fisher 合并结果。
通路列含义:n_gene、n_met 为差异分子数;bg_gene、bg_met 为通路内背景分子数;p_gene、p_met 为超几何检验 P;p_joint 为 Fisher 合并 P,fdr_joint 为其 BH 校正值;co_mapped 为两边都有差异分子,co_enriched 为两边各自 P<0.05 且各至少 2 个差异分子,joint_sig 为共映射且 fdr_joint<0.05;direction 为 all、up、down。
注:纵坐标是通路,按 Fisher 合并 P 取前 30 条;横坐标是富集比例;圆形为基因、三角为代谢物;颜色越红越显著,点越大差异分子越多。
注:横坐标是 -log10(P),虚线为 P=0.05。三种颜色分别是基因、代谢物和 Fisher 合并结果。
通路列含义:n_gene、n_met 为差异分子数;bg_gene、bg_met 为通路内背景分子数;p_gene、p_met 为超几何检验 P;p_joint 为 Fisher 合并 P,fdr_joint 为其 BH 校正值;co_mapped 为两边都有差异分子,co_enriched 为两边各自 P<0.05 且各至少 2 个差异分子,joint_sig 为共映射且 fdr_joint<0.05;direction 为 all、up、down。
注:纵坐标是通路,按 Fisher 合并 P 取前 30 条;横坐标是富集比例;圆形为基因、三角为代谢物;颜色越红越显著,点越大差异分子越多。
注:横坐标是 -log10(P),虚线为 P=0.05。三种颜色分别是基因、代谢物和 Fisher 合并结果。
通路列含义:n_gene、n_met 为差异分子数;bg_gene、bg_met 为通路内背景分子数;p_gene、p_met 为超几何检验 P;p_joint 为 Fisher 合并 P,fdr_joint 为其 BH 校正值;co_mapped 为两边都有差异分子,co_enriched 为两边各自 P<0.05 且各至少 2 个差异分子,joint_sig 为共映射且 fdr_joint<0.05;direction 为 all、up、down。
注:纵坐标是通路,按 Fisher 合并 P 取前 30 条;横坐标是富集比例;圆形为基因、三角为代谢物;颜色越红越显著,点越大差异分子越多。
注:横坐标是 -log10(P),虚线为 P=0.05。三种颜色分别是基因、代谢物和 Fisher 合并结果。
通路列含义:n_gene、n_met 为差异分子数;bg_gene、bg_met 为通路内背景分子数;p_gene、p_met 为超几何检验 P;p_joint 为 Fisher 合并 P,fdr_joint 为其 BH 校正值;co_mapped 为两边都有差异分子,co_enriched 为两边各自 P<0.05 且各至少 2 个差异分子,joint_sig 为共映射且 fdr_joint<0.05;direction 为 all、up、down。
注:纵坐标是通路,按 Fisher 合并 P 取前 30 条;横坐标是富集比例;圆形为基因、三角为代谢物;颜色越红越显著,点越大差异分子越多。
注:横坐标是 -log10(P),虚线为 P=0.05。三种颜色分别是基因、代谢物和 Fisher 合并结果。
通路列含义:n_gene、n_met 为差异分子数;bg_gene、bg_met 为通路内背景分子数;p_gene、p_met 为超几何检验 P;p_joint 为 Fisher 合并 P,fdr_joint 为其 BH 校正值;co_mapped 为两边都有差异分子,co_enriched 为两边各自 P<0.05 且各至少 2 个差异分子,joint_sig 为共映射且 fdr_joint<0.05;direction 为 all、up、down。
注:纵坐标是通路,按 Fisher 合并 P 取前 30 条;横坐标是富集比例;圆形为基因、三角为代谢物;颜色越红越显著,点越大差异分子越多。
注:横坐标是 -log10(P),虚线为 P=0.05。三种颜色分别是基因、代谢物和 Fisher 合并结果。
通路列含义:n_gene、n_met 为差异分子数;bg_gene、bg_met 为通路内背景分子数;p_gene、p_met 为超几何检验 P;p_joint 为 Fisher 合并 P,fdr_joint 为其 BH 校正值;co_mapped 为两边都有差异分子,co_enriched 为两边各自 P<0.05 且各至少 2 个差异分子,joint_sig 为共映射且 fdr_joint<0.05;direction 为 all、up、down。
注:纵坐标是通路,按 Fisher 合并 P 取前 30 条;横坐标是富集比例;圆形为基因、三角为代谢物;颜色越红越显著,点越大差异分子越多。
注:横坐标是 -log10(P),虚线为 P=0.05。三种颜色分别是基因、代谢物和 Fisher 合并结果。
通路列含义:n_gene、n_met 为差异分子数;bg_gene、bg_met 为通路内背景分子数;p_gene、p_met 为超几何检验 P;p_joint 为 Fisher 合并 P,fdr_joint 为其 BH 校正值;co_mapped 为两边都有差异分子,co_enriched 为两边各自 P<0.05 且各至少 2 个差异分子,joint_sig 为共映射且 fdr_joint<0.05;direction 为 all、up、down。
注:纵坐标是通路,按 Fisher 合并 P 取前 30 条;横坐标是富集比例;圆形为基因、三角为代谢物;颜色越红越显著,点越大差异分子越多。
注:横坐标是 -log10(P),虚线为 P=0.05。三种颜色分别是基因、代谢物和 Fisher 合并结果。
通路列含义:n_gene、n_met 为差异分子数;bg_gene、bg_met 为通路内背景分子数;p_gene、p_met 为超几何检验 P;p_joint 为 Fisher 合并 P,fdr_joint 为其 BH 校正值;co_mapped 为两边都有差异分子,co_enriched 为两边各自 P<0.05 且各至少 2 个差异分子,joint_sig 为共映射且 fdr_joint<0.05;direction 为 all、up、down。
注:纵坐标是通路,按 Fisher 合并 P 取前 30 条;横坐标是富集比例;圆形为基因、三角为代谢物;颜色越红越显著,点越大差异分子越多。
注:横坐标是 -log10(P),虚线为 P=0.05。三种颜色分别是基因、代谢物和 Fisher 合并结果。
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注:纵坐标是通路,按 Fisher 合并 P 取前 30 条;横坐标是富集比例;圆形为基因、三角为代谢物;颜色越红越显著,点越大差异分子越多。
注:横坐标是 -log10(P),虚线为 P=0.05。三种颜色分别是基因、代谢物和 Fisher 合并结果。
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注:纵坐标是通路,按 Fisher 合并 P 取前 30 条;横坐标是富集比例;圆形为基因、三角为代谢物;颜色越红越显著,点越大差异分子越多。
注:横坐标是 -log10(P),虚线为 P=0.05。三种颜色分别是基因、代谢物和 Fisher 合并结果。
通路列含义:n_gene、n_met 为差异分子数;bg_gene、bg_met 为通路内背景分子数;p_gene、p_met 为超几何检验 P;p_joint 为 Fisher 合并 P,fdr_joint 为其 BH 校正值;co_mapped 为两边都有差异分子,co_enriched 为两边各自 P<0.05 且各至少 2 个差异分子,joint_sig 为共映射且 fdr_joint<0.05;direction 为 all、up、down。
注:纵坐标是通路,按 Fisher 合并 P 取前 30 条;横坐标是富集比例;圆形为基因、三角为代谢物;颜色越红越显著,点越大差异分子越多。
注:横坐标是 -log10(P),虚线为 P=0.05。三种颜色分别是基因、代谢物和 Fisher 合并结果。
通路列含义:n_gene、n_met 为差异分子数;bg_gene、bg_met 为通路内背景分子数;p_gene、p_met 为超几何检验 P;p_joint 为 Fisher 合并 P,fdr_joint 为其 BH 校正值;co_mapped 为两边都有差异分子,co_enriched 为两边各自 P<0.05 且各至少 2 个差异分子,joint_sig 为共映射且 fdr_joint<0.05;direction 为 all、up、down。
注:纵坐标是通路,按 Fisher 合并 P 取前 30 条;横坐标是富集比例;圆形为基因、三角为代谢物;颜色越红越显著,点越大差异分子越多。
注:横坐标是 -log10(P),虚线为 P=0.05。三种颜色分别是基因、代谢物和 Fisher 合并结果。
通路列含义:n_gene、n_met 为差异分子数;bg_gene、bg_met 为通路内背景分子数;p_gene、p_met 为超几何检验 P;p_joint 为 Fisher 合并 P,fdr_joint 为其 BH 校正值;co_mapped 为两边都有差异分子,co_enriched 为两边各自 P<0.05 且各至少 2 个差异分子,joint_sig 为共映射且 fdr_joint<0.05;direction 为 all、up、down。
注:纵坐标是通路,按 Fisher 合并 P 取前 30 条;横坐标是富集比例;圆形为基因、三角为代谢物;颜色越红越显著,点越大差异分子越多。
注:横坐标是 -log10(P),虚线为 P=0.05。三种颜色分别是基因、代谢物和 Fisher 合并结果。
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注:纵坐标是通路,按 Fisher 合并 P 取前 30 条;横坐标是富集比例;圆形为基因、三角为代谢物;颜色越红越显著,点越大差异分子越多。
注:横坐标是 -log10(P),虚线为 P=0.05。三种颜色分别是基因、代谢物和 Fisher 合并结果。
通路列含义:n_gene、n_met 为差异分子数;bg_gene、bg_met 为通路内背景分子数;p_gene、p_met 为超几何检验 P;p_joint 为 Fisher 合并 P,fdr_joint 为其 BH 校正值;co_mapped 为两边都有差异分子,co_enriched 为两边各自 P<0.05 且各至少 2 个差异分子,joint_sig 为共映射且 fdr_joint<0.05;direction 为 all、up、down。
注:纵坐标是通路,按 Fisher 合并 P 取前 30 条;横坐标是富集比例;圆形为基因、三角为代谢物;颜色越红越显著,点越大差异分子越多。
注:横坐标是 -log10(P),虚线为 P=0.05。三种颜色分别是基因、代谢物和 Fisher 合并结果。
通路列含义:n_gene、n_met 为差异分子数;bg_gene、bg_met 为通路内背景分子数;p_gene、p_met 为超几何检验 P;p_joint 为 Fisher 合并 P,fdr_joint 为其 BH 校正值;co_mapped 为两边都有差异分子,co_enriched 为两边各自 P<0.05 且各至少 2 个差异分子,joint_sig 为共映射且 fdr_joint<0.05;direction 为 all、up、down。
注:纵坐标是通路,按 Fisher 合并 P 取前 30 条;横坐标是富集比例;圆形为基因、三角为代谢物;颜色越红越显著,点越大差异分子越多。
注:横坐标是 -log10(P),虚线为 P=0.05。三种颜色分别是基因、代谢物和 Fisher 合并结果。
通路列含义:n_gene、n_met 为差异分子数;bg_gene、bg_met 为通路内背景分子数;p_gene、p_met 为超几何检验 P;p_joint 为 Fisher 合并 P,fdr_joint 为其 BH 校正值;co_mapped 为两边都有差异分子,co_enriched 为两边各自 P<0.05 且各至少 2 个差异分子,joint_sig 为共映射且 fdr_joint<0.05;direction 为 all、up、down。
注:纵坐标是通路,按 Fisher 合并 P 取前 30 条;横坐标是富集比例;圆形为基因、三角为代谢物;颜色越红越显著,点越大差异分子越多。
注:横坐标是 -log10(P),虚线为 P=0.05。三种颜色分别是基因、代谢物和 Fisher 合并结果。
通路列含义:n_gene、n_met 为差异分子数;bg_gene、bg_met 为通路内背景分子数;p_gene、p_met 为超几何检验 P;p_joint 为 Fisher 合并 P,fdr_joint 为其 BH 校正值;co_mapped 为两边都有差异分子,co_enriched 为两边各自 P<0.05 且各至少 2 个差异分子,joint_sig 为共映射且 fdr_joint<0.05;direction 为 all、up、down。
注:纵坐标是通路,按 Fisher 合并 P 取前 30 条;横坐标是富集比例;圆形为基因、三角为代谢物;颜色越红越显著,点越大差异分子越多。
注:横坐标是 -log10(P),虚线为 P=0.05。三种颜色分别是基因、代谢物和 Fisher 合并结果。
通路列含义:n_gene、n_met 为差异分子数;bg_gene、bg_met 为通路内背景分子数;p_gene、p_met 为超几何检验 P;p_joint 为 Fisher 合并 P,fdr_joint 为其 BH 校正值;co_mapped 为两边都有差异分子,co_enriched 为两边各自 P<0.05 且各至少 2 个差异分子,joint_sig 为共映射且 fdr_joint<0.05;direction 为 all、up、down。
注:纵坐标是通路,按 Fisher 合并 P 取前 30 条;横坐标是富集比例;圆形为基因、三角为代谢物;颜色越红越显著,点越大差异分子越多。
注:横坐标是 -log10(P),虚线为 P=0.05。三种颜色分别是基因、代谢物和 Fisher 合并结果。
通路列含义:n_gene、n_met 为差异分子数;bg_gene、bg_met 为通路内背景分子数;p_gene、p_met 为超几何检验 P;p_joint 为 Fisher 合并 P,fdr_joint 为其 BH 校正值;co_mapped 为两边都有差异分子,co_enriched 为两边各自 P<0.05 且各至少 2 个差异分子,joint_sig 为共映射且 fdr_joint<0.05;direction 为 all、up、down。
注:纵坐标是通路,按 Fisher 合并 P 取前 30 条;横坐标是富集比例;圆形为基因、三角为代谢物;颜色越红越显著,点越大差异分子越多。
注:横坐标是 -log10(P),虚线为 P=0.05。三种颜色分别是基因、代谢物和 Fisher 合并结果。
通路列含义:n_gene、n_met 为差异分子数;bg_gene、bg_met 为通路内背景分子数;p_gene、p_met 为超几何检验 P;p_joint 为 Fisher 合并 P,fdr_joint 为其 BH 校正值;co_mapped 为两边都有差异分子,co_enriched 为两边各自 P<0.05 且各至少 2 个差异分子,joint_sig 为共映射且 fdr_joint<0.05;direction 为 all、up、down。
注:纵坐标是通路,按 Fisher 合并 P 取前 30 条;横坐标是富集比例;圆形为基因、三角为代谢物;颜色越红越显著,点越大差异分子越多。
注:横坐标是 -log10(P),虚线为 P=0.05。三种颜色分别是基因、代谢物和 Fisher 合并结果。
通路列含义:n_gene、n_met 为差异分子数;bg_gene、bg_met 为通路内背景分子数;p_gene、p_met 为超几何检验 P;p_joint 为 Fisher 合并 P,fdr_joint 为其 BH 校正值;co_mapped 为两边都有差异分子,co_enriched 为两边各自 P<0.05 且各至少 2 个差异分子,joint_sig 为共映射且 fdr_joint<0.05;direction 为 all、up、down。
注:纵坐标是通路,按 Fisher 合并 P 取前 30 条;横坐标是富集比例;圆形为基因、三角为代谢物;颜色越红越显著,点越大差异分子越多。
注:横坐标是 -log10(P),虚线为 P=0.05。三种颜色分别是基因、代谢物和 Fisher 合并结果。
通路列含义:n_gene、n_met 为差异分子数;bg_gene、bg_met 为通路内背景分子数;p_gene、p_met 为超几何检验 P;p_joint 为 Fisher 合并 P,fdr_joint 为其 BH 校正值;co_mapped 为两边都有差异分子,co_enriched 为两边各自 P<0.05 且各至少 2 个差异分子,joint_sig 为共映射且 fdr_joint<0.05;direction 为 all、up、down。
注:纵坐标是通路,按 Fisher 合并 P 取前 30 条;横坐标是富集比例;圆形为基因、三角为代谢物;颜色越红越显著,点越大差异分子越多。
注:横坐标是 -log10(P),虚线为 P=0.05。三种颜色分别是基因、代谢物和 Fisher 合并结果。
通路列含义:n_gene、n_met 为差异分子数;bg_gene、bg_met 为通路内背景分子数;p_gene、p_met 为超几何检验 P;p_joint 为 Fisher 合并 P,fdr_joint 为其 BH 校正值;co_mapped 为两边都有差异分子,co_enriched 为两边各自 P<0.05 且各至少 2 个差异分子,joint_sig 为共映射且 fdr_joint<0.05;direction 为 all、up、down。
注:纵坐标是通路,按 Fisher 合并 P 取前 30 条;横坐标是富集比例;圆形为基因、三角为代谢物;颜色越红越显著,点越大差异分子越多。
注:横坐标是 -log10(P),虚线为 P=0.05。三种颜色分别是基因、代谢物和 Fisher 合并结果。
通路列含义:n_gene、n_met 为差异分子数;bg_gene、bg_met 为通路内背景分子数;p_gene、p_met 为超几何检验 P;p_joint 为 Fisher 合并 P,fdr_joint 为其 BH 校正值;co_mapped 为两边都有差异分子,co_enriched 为两边各自 P<0.05 且各至少 2 个差异分子,joint_sig 为共映射且 fdr_joint<0.05;direction 为 all、up、down。
注:纵坐标是通路,按 Fisher 合并 P 取前 30 条;横坐标是富集比例;圆形为基因、三角为代谢物;颜色越红越显著,点越大差异分子越多。
注:横坐标是 -log10(P),虚线为 P=0.05。三种颜色分别是基因、代谢物和 Fisher 合并结果。
通路列含义:n_gene、n_met 为差异分子数;bg_gene、bg_met 为通路内背景分子数;p_gene、p_met 为超几何检验 P;p_joint 为 Fisher 合并 P,fdr_joint 为其 BH 校正值;co_mapped 为两边都有差异分子,co_enriched 为两边各自 P<0.05 且各至少 2 个差异分子,joint_sig 为共映射且 fdr_joint<0.05;direction 为 all、up、down。
注:纵坐标是通路,按 Fisher 合并 P 取前 30 条;横坐标是富集比例;圆形为基因、三角为代谢物;颜色越红越显著,点越大差异分子越多。
注:横坐标是 -log10(P),虚线为 P=0.05。三种颜色分别是基因、代谢物和 Fisher 合并结果。
通路列含义:n_gene、n_met 为差异分子数;bg_gene、bg_met 为通路内背景分子数;p_gene、p_met 为超几何检验 P;p_joint 为 Fisher 合并 P,fdr_joint 为其 BH 校正值;co_mapped 为两边都有差异分子,co_enriched 为两边各自 P<0.05 且各至少 2 个差异分子,joint_sig 为共映射且 fdr_joint<0.05;direction 为 all、up、down。
注:纵坐标是通路,按 Fisher 合并 P 取前 30 条;横坐标是富集比例;圆形为基因、三角为代谢物;颜色越红越显著,点越大差异分子越多。
注:横坐标是 -log10(P),虚线为 P=0.05。三种颜色分别是基因、代谢物和 Fisher 合并结果。
通路列含义:n_gene、n_met 为差异分子数;bg_gene、bg_met 为通路内背景分子数;p_gene、p_met 为超几何检验 P;p_joint 为 Fisher 合并 P,fdr_joint 为其 BH 校正值;co_mapped 为两边都有差异分子,co_enriched 为两边各自 P<0.05 且各至少 2 个差异分子,joint_sig 为共映射且 fdr_joint<0.05;direction 为 all、up、down。
注:纵坐标是通路,按 Fisher 合并 P 取前 30 条;横坐标是富集比例;圆形为基因、三角为代谢物;颜色越红越显著,点越大差异分子越多。
注:横坐标是 -log10(P),虚线为 P=0.05。三种颜色分别是基因、代谢物和 Fisher 合并结果。
通路列含义:n_gene、n_met 为差异分子数;bg_gene、bg_met 为通路内背景分子数;p_gene、p_met 为超几何检验 P;p_joint 为 Fisher 合并 P,fdr_joint 为其 BH 校正值;co_mapped 为两边都有差异分子,co_enriched 为两边各自 P<0.05 且各至少 2 个差异分子,joint_sig 为共映射且 fdr_joint<0.05;direction 为 all、up、down。
注:纵坐标是通路,按 Fisher 合并 P 取前 30 条;横坐标是富集比例;圆形为基因、三角为代谢物;颜色越红越显著,点越大差异分子越多。
注:横坐标是 -log10(P),虚线为 P=0.05。三种颜色分别是基因、代谢物和 Fisher 合并结果。
通路列含义:n_gene、n_met 为差异分子数;bg_gene、bg_met 为通路内背景分子数;p_gene、p_met 为超几何检验 P;p_joint 为 Fisher 合并 P,fdr_joint 为其 BH 校正值;co_mapped 为两边都有差异分子,co_enriched 为两边各自 P<0.05 且各至少 2 个差异分子,joint_sig 为共映射且 fdr_joint<0.05;direction 为 all、up、down。
注:纵坐标是通路,按 Fisher 合并 P 取前 30 条;横坐标是富集比例;圆形为基因、三角为代谢物;颜色越红越显著,点越大差异分子越多。
注:横坐标是 -log10(P),虚线为 P=0.05。三种颜色分别是基因、代谢物和 Fisher 合并结果。
通路列含义:n_gene、n_met 为差异分子数;bg_gene、bg_met 为通路内背景分子数;p_gene、p_met 为超几何检验 P;p_joint 为 Fisher 合并 P,fdr_joint 为其 BH 校正值;co_mapped 为两边都有差异分子,co_enriched 为两边各自 P<0.05 且各至少 2 个差异分子,joint_sig 为共映射且 fdr_joint<0.05;direction 为 all、up、down。
注:纵坐标是通路,按 Fisher 合并 P 取前 30 条;横坐标是富集比例;圆形为基因、三角为代谢物;颜色越红越显著,点越大差异分子越多。
注:横坐标是 -log10(P),虚线为 P=0.05。三种颜色分别是基因、代谢物和 Fisher 合并结果。
通路列含义:n_gene、n_met 为差异分子数;bg_gene、bg_met 为通路内背景分子数;p_gene、p_met 为超几何检验 P;p_joint 为 Fisher 合并 P,fdr_joint 为其 BH 校正值;co_mapped 为两边都有差异分子,co_enriched 为两边各自 P<0.05 且各至少 2 个差异分子,joint_sig 为共映射且 fdr_joint<0.05;direction 为 all、up、down。
注:纵坐标是通路,按 Fisher 合并 P 取前 30 条;横坐标是富集比例;圆形为基因、三角为代谢物;颜色越红越显著,点越大差异分子越多。
注:横坐标是 -log10(P),虚线为 P=0.05。三种颜色分别是基因、代谢物和 Fisher 合并结果。
通路列含义:n_gene、n_met 为差异分子数;bg_gene、bg_met 为通路内背景分子数;p_gene、p_met 为超几何检验 P;p_joint 为 Fisher 合并 P,fdr_joint 为其 BH 校正值;co_mapped 为两边都有差异分子,co_enriched 为两边各自 P<0.05 且各至少 2 个差异分子,joint_sig 为共映射且 fdr_joint<0.05;direction 为 all、up、down。
注:纵坐标是通路,按 Fisher 合并 P 取前 30 条;横坐标是富集比例;圆形为基因、三角为代谢物;颜色越红越显著,点越大差异分子越多。
注:横坐标是 -log10(P),虚线为 P=0.05。三种颜色分别是基因、代谢物和 Fisher 合并结果。
通路列含义:n_gene、n_met 为差异分子数;bg_gene、bg_met 为通路内背景分子数;p_gene、p_met 为超几何检验 P;p_joint 为 Fisher 合并 P,fdr_joint 为其 BH 校正值;co_mapped 为两边都有差异分子,co_enriched 为两边各自 P<0.05 且各至少 2 个差异分子,joint_sig 为共映射且 fdr_joint<0.05;direction 为 all、up、down。
注:纵坐标是通路,按 Fisher 合并 P 取前 30 条;横坐标是富集比例;圆形为基因、三角为代谢物;颜色越红越显著,点越大差异分子越多。
注:横坐标是 -log10(P),虚线为 P=0.05。三种颜色分别是基因、代谢物和 Fisher 合并结果。
通路列含义:n_gene、n_met 为差异分子数;bg_gene、bg_met 为通路内背景分子数;p_gene、p_met 为超几何检验 P;p_joint 为 Fisher 合并 P,fdr_joint 为其 BH 校正值;co_mapped 为两边都有差异分子,co_enriched 为两边各自 P<0.05 且各至少 2 个差异分子,joint_sig 为共映射且 fdr_joint<0.05;direction 为 all、up、down。
注:纵坐标是通路,按 Fisher 合并 P 取前 30 条;横坐标是富集比例;圆形为基因、三角为代谢物;颜色越红越显著,点越大差异分子越多。
注:横坐标是 -log10(P),虚线为 P=0.05。三种颜色分别是基因、代谢物和 Fisher 合并结果。
通路列含义:n_gene、n_met 为差异分子数;bg_gene、bg_met 为通路内背景分子数;p_gene、p_met 为超几何检验 P;p_joint 为 Fisher 合并 P,fdr_joint 为其 BH 校正值;co_mapped 为两边都有差异分子,co_enriched 为两边各自 P<0.05 且各至少 2 个差异分子,joint_sig 为共映射且 fdr_joint<0.05;direction 为 all、up、down。
注:纵坐标是通路,按 Fisher 合并 P 取前 30 条;横坐标是富集比例;圆形为基因、三角为代谢物;颜色越红越显著,点越大差异分子越多。
注:横坐标是 -log10(P),虚线为 P=0.05。三种颜色分别是基因、代谢物和 Fisher 合并结果。
通路列含义:n_gene、n_met 为差异分子数;bg_gene、bg_met 为通路内背景分子数;p_gene、p_met 为超几何检验 P;p_joint 为 Fisher 合并 P,fdr_joint 为其 BH 校正值;co_mapped 为两边都有差异分子,co_enriched 为两边各自 P<0.05 且各至少 2 个差异分子,joint_sig 为共映射且 fdr_joint<0.05;direction 为 all、up、down。
注:纵坐标是通路,按 Fisher 合并 P 取前 30 条;横坐标是富集比例;圆形为基因、三角为代谢物;颜色越红越显著,点越大差异分子越多。
注:横坐标是 -log10(P),虚线为 P=0.05。三种颜色分别是基因、代谢物和 Fisher 合并结果。
通路列含义:n_gene、n_met 为差异分子数;bg_gene、bg_met 为通路内背景分子数;p_gene、p_met 为超几何检验 P;p_joint 为 Fisher 合并 P,fdr_joint 为其 BH 校正值;co_mapped 为两边都有差异分子,co_enriched 为两边各自 P<0.05 且各至少 2 个差异分子,joint_sig 为共映射且 fdr_joint<0.05;direction 为 all、up、down。
注:纵坐标是通路,按 Fisher 合并 P 取前 30 条;横坐标是富集比例;圆形为基因、三角为代谢物;颜色越红越显著,点越大差异分子越多。
注:横坐标是 -log10(P),虚线为 P=0.05。三种颜色分别是基因、代谢物和 Fisher 合并结果。
通路列含义:n_gene、n_met 为差异分子数;bg_gene、bg_met 为通路内背景分子数;p_gene、p_met 为超几何检验 P;p_joint 为 Fisher 合并 P,fdr_joint 为其 BH 校正值;co_mapped 为两边都有差异分子,co_enriched 为两边各自 P<0.05 且各至少 2 个差异分子,joint_sig 为共映射且 fdr_joint<0.05;direction 为 all、up、down。