动态趋势
方法:把差异基因和差异代谢物放在一起做 Mfuzz 模糊聚类。
结果:分 R、Y、R+Y 三套,每套 9 个簇;与 k-means 的一致度(ARI)为 0.49–0.67。
方法:把差异基因和差异代谢物放在一起做 Mfuzz 模糊聚类。
结果:分 R、Y、R+Y 三套,每套 9 个簇;与 k-means 的一致度(ARI)为 0.49–0.67。
找出跨水平趋势相同的基因和代谢物,这些分子可能属于同一个响应。
任一比较的差异基因 ∪ 差异代谢物,按组取均值后 z-score。
Mfuzz,模糊系数自动估计;membership≥0.5 的分子用于作图和富集;同时做 k-means 对照。每簇分别做基因和代谢物 KEGG 富集。
水平 1–5 是否有先后顺序需客户确认;没有顺序时只代表组均值模式。趋势一致不代表调控关系。
注:细线是分子,粗线是簇均值,蓝=基因,橙=代谢物。分面标题写明该簇分子数。
注:圆=基因,三角=代谢物,只显示 P<0.05,每簇每组学最多 6 条。
cluster 簇;omics 组学;n 簇内分子数;bg 背景数;p、fdr 超几何检验。
注:细线是分子,粗线是簇均值,蓝=基因,橙=代谢物。分面标题写明该簇分子数。
注:圆=基因,三角=代谢物,只显示 P<0.05,每簇每组学最多 6 条。
cluster 簇;omics 组学;n 簇内分子数;bg 背景数;p、fdr 超几何检验。
注:细线是分子,粗线是簇均值,蓝=基因,橙=代谢物。分面标题写明该簇分子数。
注:圆=基因,三角=代谢物,只显示 P<0.05,每簇每组学最多 6 条。
cluster 簇;omics 组学;n 簇内分子数;bg 背景数;p、fdr 超几何检验。