多元统计模型
方法:全局用 O2PLS、CCA、sPLS、RDA、DIABLO;每个比较用 O2PLS、CCA、PLS、DIABLO。
结果:全局 O2PLS(5 个联合成分)的联合部分解释基因 75%、代谢物 56% 的总变异,置换 P=0.001。R vs Y 的 DIABLO 留一法错误率 0.00,按 5 个水平分类错误率 0.67。45 个比较建立了 O2PLS 模型。
全局 O2PLS下载全表| set | samples | genes | mets | n | nx | ny | R2X | R2Y | R2X_joint | R2Y_joint | R2Xhat | R2Yhat | cor_joint1 | perm_p_R2Yhat |
|---|
| ALL | 30 | 5000 | 1283 | 5 | 3 | 0 | 0.8143 | 0.5552 | 0.7495 | 0.5552 | 0.707 | 0.5132 | 0.9834 | 0.000999 |
| R | 15 | 4770 | 1280 | 1 | 1 | 0 | 0.5439 | 0.2611 | 0.4165 | 0.2611 | 0.3846 | 0.2411 | 0.9609 | 0.002997 |
| Y | 15 | 4931 | 1279 | 3 | 3 | 0 | 0.719 | 0.4604 | 0.598 | 0.4604 | 0.5746 | 0.4446 | 0.9909 | 0.000999 |
全局 DIABLO下载全表| model | classes | ncomp | loo_error | block_cor_comp1 |
|---|
| group | 10 | 4 | 0.5667 | 0.997 |
| treat | 2 | 2 | 0 | 0.9971 |
| level | 5 | 3 | 0.6667 | 0.9236 |
全局模型
各比较模型
多元统计模型
分析目的
把两组学的变异拆成共享和特有部分,并找到贡献最大的分子。
输入数据
全局:方差最大的 5000 个基因 + 全部代谢物;逐比较:该比较的差异基因和差异代谢物。
分析方法
全局 O2PLS 用 adjR² 交叉验证选成分,打乱样本 1000 次评估;RDA 用基因前 5 个主成分解释代谢组;全局 DIABLO 分别按 10 组、处理、水平建模,留一法评估。逐比较模型固定成分数。
结果怎么看
载荷绝对值大的分子贡献大。逐比较只有 6 个样本,模型必然拟合得很好,只用于描述,不能当作预测性能。
全局 O2PLS
n、nx、ny 联合/基因特有/代谢物特有成分数;R2X、R2Y 模型解释比例;R2X_joint、R2Y_joint 联合部分;R2Xhat、R2Yhat 一方预测另一方;cor_joint1 第一联合成分相关;perm_p_R2Yhat 置换 P。
全局 DIABLO
classes 类别数;loo_error 留一法总错误率;block_cor_comp1 两组学第一成分相关。
全局 O2PLS ALL
注:ALL=全部 30 样本,R、Y=单处理 15 样本;DIABLO 的 group、treat、level 为分类标签。
全局 O2PLS R
注:ALL=全部 30 样本,R、Y=单处理 15 样本;DIABLO 的 group、treat、level 为分类标签。
全局 O2PLS Y
注:ALL=全部 30 样本,R、Y=单处理 15 样本;DIABLO 的 group、treat、level 为分类标签。
全局 rCCA ALL
注:ALL=全部 30 样本,R、Y=单处理 15 样本;DIABLO 的 group、treat、level 为分类标签。
全局 rCCA R
注:ALL=全部 30 样本,R、Y=单处理 15 样本;DIABLO 的 group、treat、level 为分类标签。
全局 rCCA Y
注:ALL=全部 30 样本,R、Y=单处理 15 样本;DIABLO 的 group、treat、level 为分类标签。
全局 sPLS ALL
注:ALL=全部 30 样本,R、Y=单处理 15 样本;DIABLO 的 group、treat、level 为分类标签。
全局 sPLS R
注:ALL=全部 30 样本,R、Y=单处理 15 样本;DIABLO 的 group、treat、level 为分类标签。
全局 sPLS Y
注:ALL=全部 30 样本,R、Y=单处理 15 样本;DIABLO 的 group、treat、level 为分类标签。
全局 RDA ALL
注:蓝色箭头是基因主成分,点是样本。标题给出调整 R² 和置换 P。
全局 RDA R
注:蓝色箭头是基因主成分,点是样本。标题给出调整 R² 和置换 P。
全局 RDA Y
注:蓝色箭头是基因主成分,点是样本。标题给出调整 R² 和置换 P。
全局 DIABLO group
注:ALL=全部 30 样本,R、Y=单处理 15 样本;DIABLO 的 group、treat、level 为分类标签。
全局 DIABLO treat
注:ALL=全部 30 样本,R、Y=单处理 15 样本;DIABLO 的 group、treat、level 为分类标签。
全局 DIABLO level
注:ALL=全部 30 样本,R、Y=单处理 15 样本;DIABLO 的 group、treat、level 为分类标签。
R1_vs_Y1 O2PLS
注:左图横纵坐标分别是基因和代谢物的联合得分,两者越一致说明共变越强;中、右是载荷绝对值最大的 20 个基因和代谢物。6 个样本,固定 1 个联合成分、各 1 个特有成分,只作描述。
R1_vs_Y1 正则化 CCA
注:左、中是基因块、代谢物块的样本得分;右为变量图,点离圆心越远,与典型变量相关越强,方向相近的变量正相关。
R1_vs_Y1 PLS
注:含义同 CCA,这里是最大化协方差的双块 PLS(canonical 模式)。
R1_vs_Y1 DIABLO
注:有监督的双块 PLS-DA。左、中是两组学得分,右为两组学第一成分的一致性。
R2_vs_Y2 O2PLS
注:左图横纵坐标分别是基因和代谢物的联合得分,两者越一致说明共变越强;中、右是载荷绝对值最大的 20 个基因和代谢物。6 个样本,固定 1 个联合成分、各 1 个特有成分,只作描述。
R2_vs_Y2 正则化 CCA
注:左、中是基因块、代谢物块的样本得分;右为变量图,点离圆心越远,与典型变量相关越强,方向相近的变量正相关。
R2_vs_Y2 PLS
注:含义同 CCA,这里是最大化协方差的双块 PLS(canonical 模式)。
R2_vs_Y2 DIABLO
注:有监督的双块 PLS-DA。左、中是两组学得分,右为两组学第一成分的一致性。
R3_vs_Y3 O2PLS
注:左图横纵坐标分别是基因和代谢物的联合得分,两者越一致说明共变越强;中、右是载荷绝对值最大的 20 个基因和代谢物。6 个样本,固定 1 个联合成分、各 1 个特有成分,只作描述。
R3_vs_Y3 正则化 CCA
注:左、中是基因块、代谢物块的样本得分;右为变量图,点离圆心越远,与典型变量相关越强,方向相近的变量正相关。
R3_vs_Y3 PLS
注:含义同 CCA,这里是最大化协方差的双块 PLS(canonical 模式)。
R3_vs_Y3 DIABLO
注:有监督的双块 PLS-DA。左、中是两组学得分,右为两组学第一成分的一致性。
R4_vs_Y4 O2PLS
注:左图横纵坐标分别是基因和代谢物的联合得分,两者越一致说明共变越强;中、右是载荷绝对值最大的 20 个基因和代谢物。6 个样本,固定 1 个联合成分、各 1 个特有成分,只作描述。
R4_vs_Y4 正则化 CCA
注:左、中是基因块、代谢物块的样本得分;右为变量图,点离圆心越远,与典型变量相关越强,方向相近的变量正相关。
R4_vs_Y4 PLS
注:含义同 CCA,这里是最大化协方差的双块 PLS(canonical 模式)。
R4_vs_Y4 DIABLO
注:有监督的双块 PLS-DA。左、中是两组学得分,右为两组学第一成分的一致性。
R5_vs_Y5 O2PLS
注:左图横纵坐标分别是基因和代谢物的联合得分,两者越一致说明共变越强;中、右是载荷绝对值最大的 20 个基因和代谢物。6 个样本,固定 1 个联合成分、各 1 个特有成分,只作描述。
R5_vs_Y5 正则化 CCA
注:左、中是基因块、代谢物块的样本得分;右为变量图,点离圆心越远,与典型变量相关越强,方向相近的变量正相关。
R5_vs_Y5 PLS
注:含义同 CCA,这里是最大化协方差的双块 PLS(canonical 模式)。
R5_vs_Y5 DIABLO
注:有监督的双块 PLS-DA。左、中是两组学得分,右为两组学第一成分的一致性。
R1_vs_R2 O2PLS
注:左图横纵坐标分别是基因和代谢物的联合得分,两者越一致说明共变越强;中、右是载荷绝对值最大的 20 个基因和代谢物。6 个样本,固定 1 个联合成分、各 1 个特有成分,只作描述。
R1_vs_R2 正则化 CCA
注:左、中是基因块、代谢物块的样本得分;右为变量图,点离圆心越远,与典型变量相关越强,方向相近的变量正相关。
R1_vs_R2 PLS
注:含义同 CCA,这里是最大化协方差的双块 PLS(canonical 模式)。
R1_vs_R2 DIABLO
注:有监督的双块 PLS-DA。左、中是两组学得分,右为两组学第一成分的一致性。
R1_vs_R3 O2PLS
注:左图横纵坐标分别是基因和代谢物的联合得分,两者越一致说明共变越强;中、右是载荷绝对值最大的 20 个基因和代谢物。6 个样本,固定 1 个联合成分、各 1 个特有成分,只作描述。
R1_vs_R3 正则化 CCA
注:左、中是基因块、代谢物块的样本得分;右为变量图,点离圆心越远,与典型变量相关越强,方向相近的变量正相关。
R1_vs_R3 PLS
注:含义同 CCA,这里是最大化协方差的双块 PLS(canonical 模式)。
R1_vs_R3 DIABLO
注:有监督的双块 PLS-DA。左、中是两组学得分,右为两组学第一成分的一致性。
R1_vs_R4 O2PLS
注:左图横纵坐标分别是基因和代谢物的联合得分,两者越一致说明共变越强;中、右是载荷绝对值最大的 20 个基因和代谢物。6 个样本,固定 1 个联合成分、各 1 个特有成分,只作描述。
R1_vs_R4 正则化 CCA
注:左、中是基因块、代谢物块的样本得分;右为变量图,点离圆心越远,与典型变量相关越强,方向相近的变量正相关。
R1_vs_R4 PLS
注:含义同 CCA,这里是最大化协方差的双块 PLS(canonical 模式)。
R1_vs_R4 DIABLO
注:有监督的双块 PLS-DA。左、中是两组学得分,右为两组学第一成分的一致性。
R1_vs_R5 O2PLS
注:左图横纵坐标分别是基因和代谢物的联合得分,两者越一致说明共变越强;中、右是载荷绝对值最大的 20 个基因和代谢物。6 个样本,固定 1 个联合成分、各 1 个特有成分,只作描述。
R1_vs_R5 正则化 CCA
注:左、中是基因块、代谢物块的样本得分;右为变量图,点离圆心越远,与典型变量相关越强,方向相近的变量正相关。
R1_vs_R5 PLS
注:含义同 CCA,这里是最大化协方差的双块 PLS(canonical 模式)。
R1_vs_R5 DIABLO
注:有监督的双块 PLS-DA。左、中是两组学得分,右为两组学第一成分的一致性。
R2_vs_R3 O2PLS
注:左图横纵坐标分别是基因和代谢物的联合得分,两者越一致说明共变越强;中、右是载荷绝对值最大的 20 个基因和代谢物。6 个样本,固定 1 个联合成分、各 1 个特有成分,只作描述。
R2_vs_R3 正则化 CCA
注:左、中是基因块、代谢物块的样本得分;右为变量图,点离圆心越远,与典型变量相关越强,方向相近的变量正相关。
R2_vs_R3 PLS
注:含义同 CCA,这里是最大化协方差的双块 PLS(canonical 模式)。
R2_vs_R3 DIABLO
注:有监督的双块 PLS-DA。左、中是两组学得分,右为两组学第一成分的一致性。
R2_vs_R4 O2PLS
注:左图横纵坐标分别是基因和代谢物的联合得分,两者越一致说明共变越强;中、右是载荷绝对值最大的 20 个基因和代谢物。6 个样本,固定 1 个联合成分、各 1 个特有成分,只作描述。
R2_vs_R4 正则化 CCA
注:左、中是基因块、代谢物块的样本得分;右为变量图,点离圆心越远,与典型变量相关越强,方向相近的变量正相关。
R2_vs_R4 PLS
注:含义同 CCA,这里是最大化协方差的双块 PLS(canonical 模式)。
R2_vs_R4 DIABLO
注:有监督的双块 PLS-DA。左、中是两组学得分,右为两组学第一成分的一致性。
R2_vs_R5 O2PLS
注:左图横纵坐标分别是基因和代谢物的联合得分,两者越一致说明共变越强;中、右是载荷绝对值最大的 20 个基因和代谢物。6 个样本,固定 1 个联合成分、各 1 个特有成分,只作描述。
R2_vs_R5 正则化 CCA
注:左、中是基因块、代谢物块的样本得分;右为变量图,点离圆心越远,与典型变量相关越强,方向相近的变量正相关。
R2_vs_R5 PLS
注:含义同 CCA,这里是最大化协方差的双块 PLS(canonical 模式)。
R2_vs_R5 DIABLO
注:有监督的双块 PLS-DA。左、中是两组学得分,右为两组学第一成分的一致性。
R3_vs_R4 O2PLS
注:左图横纵坐标分别是基因和代谢物的联合得分,两者越一致说明共变越强;中、右是载荷绝对值最大的 20 个基因和代谢物。6 个样本,固定 1 个联合成分、各 1 个特有成分,只作描述。
R3_vs_R4 正则化 CCA
注:左、中是基因块、代谢物块的样本得分;右为变量图,点离圆心越远,与典型变量相关越强,方向相近的变量正相关。
R3_vs_R4 PLS
注:含义同 CCA,这里是最大化协方差的双块 PLS(canonical 模式)。
R3_vs_R4 DIABLO
注:有监督的双块 PLS-DA。左、中是两组学得分,右为两组学第一成分的一致性。
R3_vs_R5 O2PLS
注:左图横纵坐标分别是基因和代谢物的联合得分,两者越一致说明共变越强;中、右是载荷绝对值最大的 20 个基因和代谢物。6 个样本,固定 1 个联合成分、各 1 个特有成分,只作描述。
R3_vs_R5 正则化 CCA
注:左、中是基因块、代谢物块的样本得分;右为变量图,点离圆心越远,与典型变量相关越强,方向相近的变量正相关。
R3_vs_R5 PLS
注:含义同 CCA,这里是最大化协方差的双块 PLS(canonical 模式)。
R3_vs_R5 DIABLO
注:有监督的双块 PLS-DA。左、中是两组学得分,右为两组学第一成分的一致性。
R4_vs_R5 O2PLS
注:左图横纵坐标分别是基因和代谢物的联合得分,两者越一致说明共变越强;中、右是载荷绝对值最大的 20 个基因和代谢物。6 个样本,固定 1 个联合成分、各 1 个特有成分,只作描述。
R4_vs_R5 正则化 CCA
注:左、中是基因块、代谢物块的样本得分;右为变量图,点离圆心越远,与典型变量相关越强,方向相近的变量正相关。
R4_vs_R5 PLS
注:含义同 CCA,这里是最大化协方差的双块 PLS(canonical 模式)。
R4_vs_R5 DIABLO
注:有监督的双块 PLS-DA。左、中是两组学得分,右为两组学第一成分的一致性。
Y1_vs_Y2 O2PLS
注:左图横纵坐标分别是基因和代谢物的联合得分,两者越一致说明共变越强;中、右是载荷绝对值最大的 20 个基因和代谢物。6 个样本,固定 1 个联合成分、各 1 个特有成分,只作描述。
Y1_vs_Y2 正则化 CCA
注:左、中是基因块、代谢物块的样本得分;右为变量图,点离圆心越远,与典型变量相关越强,方向相近的变量正相关。
Y1_vs_Y2 PLS
注:含义同 CCA,这里是最大化协方差的双块 PLS(canonical 模式)。
Y1_vs_Y2 DIABLO
注:有监督的双块 PLS-DA。左、中是两组学得分,右为两组学第一成分的一致性。
Y1_vs_Y3 O2PLS
注:左图横纵坐标分别是基因和代谢物的联合得分,两者越一致说明共变越强;中、右是载荷绝对值最大的 20 个基因和代谢物。6 个样本,固定 1 个联合成分、各 1 个特有成分,只作描述。
Y1_vs_Y3 正则化 CCA
注:左、中是基因块、代谢物块的样本得分;右为变量图,点离圆心越远,与典型变量相关越强,方向相近的变量正相关。
Y1_vs_Y3 PLS
注:含义同 CCA,这里是最大化协方差的双块 PLS(canonical 模式)。
Y1_vs_Y3 DIABLO
注:有监督的双块 PLS-DA。左、中是两组学得分,右为两组学第一成分的一致性。
Y1_vs_Y4 O2PLS
注:左图横纵坐标分别是基因和代谢物的联合得分,两者越一致说明共变越强;中、右是载荷绝对值最大的 20 个基因和代谢物。6 个样本,固定 1 个联合成分、各 1 个特有成分,只作描述。
Y1_vs_Y4 正则化 CCA
注:左、中是基因块、代谢物块的样本得分;右为变量图,点离圆心越远,与典型变量相关越强,方向相近的变量正相关。
Y1_vs_Y4 PLS
注:含义同 CCA,这里是最大化协方差的双块 PLS(canonical 模式)。
Y1_vs_Y4 DIABLO
注:有监督的双块 PLS-DA。左、中是两组学得分,右为两组学第一成分的一致性。
Y1_vs_Y5 O2PLS
注:左图横纵坐标分别是基因和代谢物的联合得分,两者越一致说明共变越强;中、右是载荷绝对值最大的 20 个基因和代谢物。6 个样本,固定 1 个联合成分、各 1 个特有成分,只作描述。
Y1_vs_Y5 正则化 CCA
注:左、中是基因块、代谢物块的样本得分;右为变量图,点离圆心越远,与典型变量相关越强,方向相近的变量正相关。
Y1_vs_Y5 PLS
注:含义同 CCA,这里是最大化协方差的双块 PLS(canonical 模式)。
Y1_vs_Y5 DIABLO
注:有监督的双块 PLS-DA。左、中是两组学得分,右为两组学第一成分的一致性。
Y2_vs_Y3 O2PLS
注:左图横纵坐标分别是基因和代谢物的联合得分,两者越一致说明共变越强;中、右是载荷绝对值最大的 20 个基因和代谢物。6 个样本,固定 1 个联合成分、各 1 个特有成分,只作描述。
Y2_vs_Y3 正则化 CCA
注:左、中是基因块、代谢物块的样本得分;右为变量图,点离圆心越远,与典型变量相关越强,方向相近的变量正相关。
Y2_vs_Y3 PLS
注:含义同 CCA,这里是最大化协方差的双块 PLS(canonical 模式)。
Y2_vs_Y3 DIABLO
注:有监督的双块 PLS-DA。左、中是两组学得分,右为两组学第一成分的一致性。
Y2_vs_Y4 O2PLS
注:左图横纵坐标分别是基因和代谢物的联合得分,两者越一致说明共变越强;中、右是载荷绝对值最大的 20 个基因和代谢物。6 个样本,固定 1 个联合成分、各 1 个特有成分,只作描述。
Y2_vs_Y4 正则化 CCA
注:左、中是基因块、代谢物块的样本得分;右为变量图,点离圆心越远,与典型变量相关越强,方向相近的变量正相关。
Y2_vs_Y4 PLS
注:含义同 CCA,这里是最大化协方差的双块 PLS(canonical 模式)。
Y2_vs_Y4 DIABLO
注:有监督的双块 PLS-DA。左、中是两组学得分,右为两组学第一成分的一致性。
Y2_vs_Y5 O2PLS
注:左图横纵坐标分别是基因和代谢物的联合得分,两者越一致说明共变越强;中、右是载荷绝对值最大的 20 个基因和代谢物。6 个样本,固定 1 个联合成分、各 1 个特有成分,只作描述。
Y2_vs_Y5 正则化 CCA
注:左、中是基因块、代谢物块的样本得分;右为变量图,点离圆心越远,与典型变量相关越强,方向相近的变量正相关。
Y2_vs_Y5 PLS
注:含义同 CCA,这里是最大化协方差的双块 PLS(canonical 模式)。
Y2_vs_Y5 DIABLO
注:有监督的双块 PLS-DA。左、中是两组学得分,右为两组学第一成分的一致性。
Y3_vs_Y4 O2PLS
注:左图横纵坐标分别是基因和代谢物的联合得分,两者越一致说明共变越强;中、右是载荷绝对值最大的 20 个基因和代谢物。6 个样本,固定 1 个联合成分、各 1 个特有成分,只作描述。
Y3_vs_Y4 正则化 CCA
注:左、中是基因块、代谢物块的样本得分;右为变量图,点离圆心越远,与典型变量相关越强,方向相近的变量正相关。
Y3_vs_Y4 PLS
注:含义同 CCA,这里是最大化协方差的双块 PLS(canonical 模式)。
Y3_vs_Y4 DIABLO
注:有监督的双块 PLS-DA。左、中是两组学得分,右为两组学第一成分的一致性。
Y3_vs_Y5 O2PLS
注:左图横纵坐标分别是基因和代谢物的联合得分,两者越一致说明共变越强;中、右是载荷绝对值最大的 20 个基因和代谢物。6 个样本,固定 1 个联合成分、各 1 个特有成分,只作描述。
Y3_vs_Y5 正则化 CCA
注:左、中是基因块、代谢物块的样本得分;右为变量图,点离圆心越远,与典型变量相关越强,方向相近的变量正相关。
Y3_vs_Y5 PLS
注:含义同 CCA,这里是最大化协方差的双块 PLS(canonical 模式)。
Y3_vs_Y5 DIABLO
注:有监督的双块 PLS-DA。左、中是两组学得分,右为两组学第一成分的一致性。
Y4_vs_Y5 O2PLS
注:左图横纵坐标分别是基因和代谢物的联合得分,两者越一致说明共变越强;中、右是载荷绝对值最大的 20 个基因和代谢物。6 个样本,固定 1 个联合成分、各 1 个特有成分,只作描述。
Y4_vs_Y5 正则化 CCA
注:左、中是基因块、代谢物块的样本得分;右为变量图,点离圆心越远,与典型变量相关越强,方向相近的变量正相关。
Y4_vs_Y5 PLS
注:含义同 CCA,这里是最大化协方差的双块 PLS(canonical 模式)。
Y4_vs_Y5 DIABLO
注:有监督的双块 PLS-DA。左、中是两组学得分,右为两组学第一成分的一致性。
R1_vs_Y2 O2PLS
注:左图横纵坐标分别是基因和代谢物的联合得分,两者越一致说明共变越强;中、右是载荷绝对值最大的 20 个基因和代谢物。6 个样本,固定 1 个联合成分、各 1 个特有成分,只作描述。
R1_vs_Y2 正则化 CCA
注:左、中是基因块、代谢物块的样本得分;右为变量图,点离圆心越远,与典型变量相关越强,方向相近的变量正相关。
R1_vs_Y2 PLS
注:含义同 CCA,这里是最大化协方差的双块 PLS(canonical 模式)。
R1_vs_Y2 DIABLO
注:有监督的双块 PLS-DA。左、中是两组学得分,右为两组学第一成分的一致性。
R1_vs_Y3 O2PLS
注:左图横纵坐标分别是基因和代谢物的联合得分,两者越一致说明共变越强;中、右是载荷绝对值最大的 20 个基因和代谢物。6 个样本,固定 1 个联合成分、各 1 个特有成分,只作描述。
R1_vs_Y3 正则化 CCA
注:左、中是基因块、代谢物块的样本得分;右为变量图,点离圆心越远,与典型变量相关越强,方向相近的变量正相关。
R1_vs_Y3 PLS
注:含义同 CCA,这里是最大化协方差的双块 PLS(canonical 模式)。
R1_vs_Y3 DIABLO
注:有监督的双块 PLS-DA。左、中是两组学得分,右为两组学第一成分的一致性。
R1_vs_Y4 O2PLS
注:左图横纵坐标分别是基因和代谢物的联合得分,两者越一致说明共变越强;中、右是载荷绝对值最大的 20 个基因和代谢物。6 个样本,固定 1 个联合成分、各 1 个特有成分,只作描述。
R1_vs_Y4 正则化 CCA
注:左、中是基因块、代谢物块的样本得分;右为变量图,点离圆心越远,与典型变量相关越强,方向相近的变量正相关。
R1_vs_Y4 PLS
注:含义同 CCA,这里是最大化协方差的双块 PLS(canonical 模式)。
R1_vs_Y4 DIABLO
注:有监督的双块 PLS-DA。左、中是两组学得分,右为两组学第一成分的一致性。
R1_vs_Y5 O2PLS
注:左图横纵坐标分别是基因和代谢物的联合得分,两者越一致说明共变越强;中、右是载荷绝对值最大的 20 个基因和代谢物。6 个样本,固定 1 个联合成分、各 1 个特有成分,只作描述。
R1_vs_Y5 正则化 CCA
注:左、中是基因块、代谢物块的样本得分;右为变量图,点离圆心越远,与典型变量相关越强,方向相近的变量正相关。
R1_vs_Y5 PLS
注:含义同 CCA,这里是最大化协方差的双块 PLS(canonical 模式)。
R1_vs_Y5 DIABLO
注:有监督的双块 PLS-DA。左、中是两组学得分,右为两组学第一成分的一致性。
R2_vs_Y1 O2PLS
注:左图横纵坐标分别是基因和代谢物的联合得分,两者越一致说明共变越强;中、右是载荷绝对值最大的 20 个基因和代谢物。6 个样本,固定 1 个联合成分、各 1 个特有成分,只作描述。
R2_vs_Y1 正则化 CCA
注:左、中是基因块、代谢物块的样本得分;右为变量图,点离圆心越远,与典型变量相关越强,方向相近的变量正相关。
R2_vs_Y1 PLS
注:含义同 CCA,这里是最大化协方差的双块 PLS(canonical 模式)。
R2_vs_Y1 DIABLO
注:有监督的双块 PLS-DA。左、中是两组学得分,右为两组学第一成分的一致性。
R2_vs_Y3 O2PLS
注:左图横纵坐标分别是基因和代谢物的联合得分,两者越一致说明共变越强;中、右是载荷绝对值最大的 20 个基因和代谢物。6 个样本,固定 1 个联合成分、各 1 个特有成分,只作描述。
R2_vs_Y3 正则化 CCA
注:左、中是基因块、代谢物块的样本得分;右为变量图,点离圆心越远,与典型变量相关越强,方向相近的变量正相关。
R2_vs_Y3 PLS
注:含义同 CCA,这里是最大化协方差的双块 PLS(canonical 模式)。
R2_vs_Y3 DIABLO
注:有监督的双块 PLS-DA。左、中是两组学得分,右为两组学第一成分的一致性。
R2_vs_Y4 O2PLS
注:左图横纵坐标分别是基因和代谢物的联合得分,两者越一致说明共变越强;中、右是载荷绝对值最大的 20 个基因和代谢物。6 个样本,固定 1 个联合成分、各 1 个特有成分,只作描述。
R2_vs_Y4 正则化 CCA
注:左、中是基因块、代谢物块的样本得分;右为变量图,点离圆心越远,与典型变量相关越强,方向相近的变量正相关。
R2_vs_Y4 PLS
注:含义同 CCA,这里是最大化协方差的双块 PLS(canonical 模式)。
R2_vs_Y4 DIABLO
注:有监督的双块 PLS-DA。左、中是两组学得分,右为两组学第一成分的一致性。
R2_vs_Y5 O2PLS
注:左图横纵坐标分别是基因和代谢物的联合得分,两者越一致说明共变越强;中、右是载荷绝对值最大的 20 个基因和代谢物。6 个样本,固定 1 个联合成分、各 1 个特有成分,只作描述。
R2_vs_Y5 正则化 CCA
注:左、中是基因块、代谢物块的样本得分;右为变量图,点离圆心越远,与典型变量相关越强,方向相近的变量正相关。
R2_vs_Y5 PLS
注:含义同 CCA,这里是最大化协方差的双块 PLS(canonical 模式)。
R2_vs_Y5 DIABLO
注:有监督的双块 PLS-DA。左、中是两组学得分,右为两组学第一成分的一致性。
R3_vs_Y1 O2PLS
注:左图横纵坐标分别是基因和代谢物的联合得分,两者越一致说明共变越强;中、右是载荷绝对值最大的 20 个基因和代谢物。6 个样本,固定 1 个联合成分、各 1 个特有成分,只作描述。
R3_vs_Y1 正则化 CCA
注:左、中是基因块、代谢物块的样本得分;右为变量图,点离圆心越远,与典型变量相关越强,方向相近的变量正相关。
R3_vs_Y1 PLS
注:含义同 CCA,这里是最大化协方差的双块 PLS(canonical 模式)。
R3_vs_Y1 DIABLO
注:有监督的双块 PLS-DA。左、中是两组学得分,右为两组学第一成分的一致性。
R3_vs_Y2 O2PLS
注:左图横纵坐标分别是基因和代谢物的联合得分,两者越一致说明共变越强;中、右是载荷绝对值最大的 20 个基因和代谢物。6 个样本,固定 1 个联合成分、各 1 个特有成分,只作描述。
R3_vs_Y2 正则化 CCA
注:左、中是基因块、代谢物块的样本得分;右为变量图,点离圆心越远,与典型变量相关越强,方向相近的变量正相关。
R3_vs_Y2 PLS
注:含义同 CCA,这里是最大化协方差的双块 PLS(canonical 模式)。
R3_vs_Y2 DIABLO
注:有监督的双块 PLS-DA。左、中是两组学得分,右为两组学第一成分的一致性。
R3_vs_Y4 O2PLS
注:左图横纵坐标分别是基因和代谢物的联合得分,两者越一致说明共变越强;中、右是载荷绝对值最大的 20 个基因和代谢物。6 个样本,固定 1 个联合成分、各 1 个特有成分,只作描述。
R3_vs_Y4 正则化 CCA
注:左、中是基因块、代谢物块的样本得分;右为变量图,点离圆心越远,与典型变量相关越强,方向相近的变量正相关。
R3_vs_Y4 PLS
注:含义同 CCA,这里是最大化协方差的双块 PLS(canonical 模式)。
R3_vs_Y4 DIABLO
注:有监督的双块 PLS-DA。左、中是两组学得分,右为两组学第一成分的一致性。
R3_vs_Y5 O2PLS
注:左图横纵坐标分别是基因和代谢物的联合得分,两者越一致说明共变越强;中、右是载荷绝对值最大的 20 个基因和代谢物。6 个样本,固定 1 个联合成分、各 1 个特有成分,只作描述。
R3_vs_Y5 正则化 CCA
注:左、中是基因块、代谢物块的样本得分;右为变量图,点离圆心越远,与典型变量相关越强,方向相近的变量正相关。
R3_vs_Y5 PLS
注:含义同 CCA,这里是最大化协方差的双块 PLS(canonical 模式)。
R3_vs_Y5 DIABLO
注:有监督的双块 PLS-DA。左、中是两组学得分,右为两组学第一成分的一致性。
R4_vs_Y1 O2PLS
注:左图横纵坐标分别是基因和代谢物的联合得分,两者越一致说明共变越强;中、右是载荷绝对值最大的 20 个基因和代谢物。6 个样本,固定 1 个联合成分、各 1 个特有成分,只作描述。
R4_vs_Y1 正则化 CCA
注:左、中是基因块、代谢物块的样本得分;右为变量图,点离圆心越远,与典型变量相关越强,方向相近的变量正相关。
R4_vs_Y1 PLS
注:含义同 CCA,这里是最大化协方差的双块 PLS(canonical 模式)。
R4_vs_Y1 DIABLO
注:有监督的双块 PLS-DA。左、中是两组学得分,右为两组学第一成分的一致性。
R4_vs_Y2 O2PLS
注:左图横纵坐标分别是基因和代谢物的联合得分,两者越一致说明共变越强;中、右是载荷绝对值最大的 20 个基因和代谢物。6 个样本,固定 1 个联合成分、各 1 个特有成分,只作描述。
R4_vs_Y2 正则化 CCA
注:左、中是基因块、代谢物块的样本得分;右为变量图,点离圆心越远,与典型变量相关越强,方向相近的变量正相关。
R4_vs_Y2 PLS
注:含义同 CCA,这里是最大化协方差的双块 PLS(canonical 模式)。
R4_vs_Y2 DIABLO
注:有监督的双块 PLS-DA。左、中是两组学得分,右为两组学第一成分的一致性。
R4_vs_Y3 O2PLS
注:左图横纵坐标分别是基因和代谢物的联合得分,两者越一致说明共变越强;中、右是载荷绝对值最大的 20 个基因和代谢物。6 个样本,固定 1 个联合成分、各 1 个特有成分,只作描述。
R4_vs_Y3 正则化 CCA
注:左、中是基因块、代谢物块的样本得分;右为变量图,点离圆心越远,与典型变量相关越强,方向相近的变量正相关。
R4_vs_Y3 PLS
注:含义同 CCA,这里是最大化协方差的双块 PLS(canonical 模式)。
R4_vs_Y3 DIABLO
注:有监督的双块 PLS-DA。左、中是两组学得分,右为两组学第一成分的一致性。
R4_vs_Y5 O2PLS
注:左图横纵坐标分别是基因和代谢物的联合得分,两者越一致说明共变越强;中、右是载荷绝对值最大的 20 个基因和代谢物。6 个样本,固定 1 个联合成分、各 1 个特有成分,只作描述。
R4_vs_Y5 正则化 CCA
注:左、中是基因块、代谢物块的样本得分;右为变量图,点离圆心越远,与典型变量相关越强,方向相近的变量正相关。
R4_vs_Y5 PLS
注:含义同 CCA,这里是最大化协方差的双块 PLS(canonical 模式)。
R4_vs_Y5 DIABLO
注:有监督的双块 PLS-DA。左、中是两组学得分,右为两组学第一成分的一致性。
R5_vs_Y1 O2PLS
注:左图横纵坐标分别是基因和代谢物的联合得分,两者越一致说明共变越强;中、右是载荷绝对值最大的 20 个基因和代谢物。6 个样本,固定 1 个联合成分、各 1 个特有成分,只作描述。
R5_vs_Y1 正则化 CCA
注:左、中是基因块、代谢物块的样本得分;右为变量图,点离圆心越远,与典型变量相关越强,方向相近的变量正相关。
R5_vs_Y1 PLS
注:含义同 CCA,这里是最大化协方差的双块 PLS(canonical 模式)。
R5_vs_Y1 DIABLO
注:有监督的双块 PLS-DA。左、中是两组学得分,右为两组学第一成分的一致性。
R5_vs_Y2 O2PLS
注:左图横纵坐标分别是基因和代谢物的联合得分,两者越一致说明共变越强;中、右是载荷绝对值最大的 20 个基因和代谢物。6 个样本,固定 1 个联合成分、各 1 个特有成分,只作描述。
R5_vs_Y2 正则化 CCA
注:左、中是基因块、代谢物块的样本得分;右为变量图,点离圆心越远,与典型变量相关越强,方向相近的变量正相关。
R5_vs_Y2 PLS
注:含义同 CCA,这里是最大化协方差的双块 PLS(canonical 模式)。
R5_vs_Y2 DIABLO
注:有监督的双块 PLS-DA。左、中是两组学得分,右为两组学第一成分的一致性。
R5_vs_Y3 O2PLS
注:左图横纵坐标分别是基因和代谢物的联合得分,两者越一致说明共变越强;中、右是载荷绝对值最大的 20 个基因和代谢物。6 个样本,固定 1 个联合成分、各 1 个特有成分,只作描述。
R5_vs_Y3 正则化 CCA
注:左、中是基因块、代谢物块的样本得分;右为变量图,点离圆心越远,与典型变量相关越强,方向相近的变量正相关。
R5_vs_Y3 PLS
注:含义同 CCA,这里是最大化协方差的双块 PLS(canonical 模式)。
R5_vs_Y3 DIABLO
注:有监督的双块 PLS-DA。左、中是两组学得分,右为两组学第一成分的一致性。
R5_vs_Y4 O2PLS
注:左图横纵坐标分别是基因和代谢物的联合得分,两者越一致说明共变越强;中、右是载荷绝对值最大的 20 个基因和代谢物。6 个样本,固定 1 个联合成分、各 1 个特有成分,只作描述。
R5_vs_Y4 正则化 CCA
注:左、中是基因块、代谢物块的样本得分;右为变量图,点离圆心越远,与典型变量相关越强,方向相近的变量正相关。
R5_vs_Y4 PLS
注:含义同 CCA,这里是最大化协方差的双块 PLS(canonical 模式)。
R5_vs_Y4 DIABLO
注:有监督的双块 PLS-DA。左、中是两组学得分,右为两组学第一成分的一致性。