数据与实验设计
方法：转录组 FPKM 和差异结果、代谢物强度和差异结果来自服务商交付；两组学样本编号一一对应。
结果：30 个样本分 10 组。转录组 45 个比较，服务商代谢组有 25 个，另 20 个按同规则补算。
| sample | treat | level | rep | group |
|---|---|---|---|---|
| R11 | R | 1 | 1 | R1 |
| R12 | R | 1 | 2 | R1 |
| R13 | R | 1 | 3 | R1 |
| R21 | R | 2 | 1 | R2 |
| R22 | R | 2 | 2 | R2 |
| R23 | R | 2 | 3 | R2 |
| R31 | R | 3 | 1 | R3 |
| R32 | R | 3 | 2 | R3 |
| R33 | R | 3 | 3 | R3 |
| R41 | R | 4 | 1 | R4 |
| R42 | R | 4 | 2 | R4 |
| R43 | R | 4 | 3 | R4 |
| R51 | R | 5 | 1 | R5 |
| R52 | R | 5 | 2 | R5 |
| R53 | R | 5 | 3 | R5 |
| Y11 | Y | 1 | 1 | Y1 |
| Y12 | Y | 1 | 2 | Y1 |
| Y13 | Y | 1 | 3 | Y1 |
| Y21 | Y | 2 | 1 | Y2 |
| Y22 | Y | 2 | 2 | Y2 |
| Y23 | Y | 2 | 3 | Y2 |
| Y31 | Y | 3 | 1 | Y3 |
| Y32 | Y | 3 | 2 | Y3 |
| Y33 | Y | 3 | 3 | Y3 |
| Y41 | Y | 4 | 1 | Y4 |
| Y42 | Y | 4 | 2 | Y4 |
| Y43 | Y | 4 | 3 | Y4 |
| Y51 | Y | 5 | 1 | Y5 |
| Y52 | Y | 5 | 2 | Y5 |
| Y53 | Y | 5 | 3 | Y5 |
| comparison | group_a | group_b | category | met_source |
|---|---|---|---|---|
| R1_vs_Y1 | R1 | Y1 | A_同水平处理间 | vendor |
| R2_vs_Y2 | R2 | Y2 | A_同水平处理间 | vendor |
| R3_vs_Y3 | R3 | Y3 | A_同水平处理间 | vendor |
| R4_vs_Y4 | R4 | Y4 | A_同水平处理间 | vendor |
| R5_vs_Y5 | R5 | Y5 | A_同水平处理间 | vendor |
| R1_vs_R2 | R1 | R2 | B_R组内跨水平 | vendor |
| R1_vs_R3 | R1 | R3 | B_R组内跨水平 | vendor |
| R1_vs_R4 | R1 | R4 | B_R组内跨水平 | vendor |
| R1_vs_R5 | R1 | R5 | B_R组内跨水平 | vendor |
| R2_vs_R3 | R2 | R3 | B_R组内跨水平 | vendor |
| R2_vs_R4 | R2 | R4 | B_R组内跨水平 | vendor |
| R2_vs_R5 | R2 | R5 | B_R组内跨水平 | vendor |
| R3_vs_R4 | R3 | R4 | B_R组内跨水平 | vendor |
| R3_vs_R5 | R3 | R5 | B_R组内跨水平 | vendor |
| R4_vs_R5 | R4 | R5 | B_R组内跨水平 | vendor |
| Y1_vs_Y2 | Y1 | Y2 | C_Y组内跨水平 | vendor |
| Y1_vs_Y3 | Y1 | Y3 | C_Y组内跨水平 | vendor |
| Y1_vs_Y4 | Y1 | Y4 | C_Y组内跨水平 | vendor |
| Y1_vs_Y5 | Y1 | Y5 | C_Y组内跨水平 | vendor |
| Y2_vs_Y3 | Y2 | Y3 | C_Y组内跨水平 | vendor |
| Y2_vs_Y4 | Y2 | Y4 | C_Y组内跨水平 | vendor |
| Y2_vs_Y5 | Y2 | Y5 | C_Y组内跨水平 | vendor |
| Y3_vs_Y4 | Y3 | Y4 | C_Y组内跨水平 | vendor |
| Y3_vs_Y5 | Y3 | Y5 | C_Y组内跨水平 | vendor |
| Y4_vs_Y5 | Y4 | Y5 | C_Y组内跨水平 | vendor |
| R1_vs_Y2 | R1 | Y2 | D_跨水平跨处理 | pipeline |
| R1_vs_Y3 | R1 | Y3 | D_跨水平跨处理 | pipeline |
| R1_vs_Y4 | R1 | Y4 | D_跨水平跨处理 | pipeline |
| R1_vs_Y5 | R1 | Y5 | D_跨水平跨处理 | pipeline |
| R2_vs_Y1 | R2 | Y1 | D_跨水平跨处理 | pipeline |
| R2_vs_Y3 | R2 | Y3 | D_跨水平跨处理 | pipeline |
| R2_vs_Y4 | R2 | Y4 | D_跨水平跨处理 | pipeline |
| R2_vs_Y5 | R2 | Y5 | D_跨水平跨处理 | pipeline |
| R3_vs_Y1 | R3 | Y1 | D_跨水平跨处理 | pipeline |
| R3_vs_Y2 | R3 | Y2 | D_跨水平跨处理 | pipeline |
| R3_vs_Y4 | R3 | Y4 | D_跨水平跨处理 | pipeline |
| R3_vs_Y5 | R3 | Y5 | D_跨水平跨处理 | pipeline |
| R4_vs_Y1 | R4 | Y1 | D_跨水平跨处理 | pipeline |
| R4_vs_Y2 | R4 | Y2 | D_跨水平跨处理 | pipeline |
| R4_vs_Y3 | R4 | Y3 | D_跨水平跨处理 | pipeline |
| R4_vs_Y5 | R4 | Y5 | D_跨水平跨处理 | pipeline |
| R5_vs_Y1 | R5 | Y1 | D_跨水平跨处理 | pipeline |
| R5_vs_Y2 | R5 | Y2 | D_跨水平跨处理 | pipeline |
| R5_vs_Y3 | R5 | Y3 | D_跨水平跨处理 | pipeline |
| R5_vs_Y4 | R5 | Y4 | D_跨水平跨处理 | pipeline |
代谢组补算规则核对
| comparison | n_vendor | n_recomp | both | p_spearman | p_maxdiff | fc_maxdiff | vip_pearson | jaccard |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| R1_vs_R2 | 9 | 9 | 9 | 1 | 5.55e-16 | 4.88e-15 | 0.8917 | 1 |
| R1_vs_R3 | 10 | 10 | 10 | 1 | 5e-16 | 5.33e-15 | 0.8915 | 1 |
| R1_vs_R4 | 58 | 58 | 58 | 1 | 5.55e-16 | 4.88e-15 | 0.9207 | 1 |
| R1_vs_R5 | 65 | 65 | 65 | 1 | 5e-16 | 5.33e-15 | 0.9173 | 1 |
| R1_vs_Y1 | 75 | 75 | 75 | 1 | 5e-16 | 4.97e-14 | 0.9013 | 1 |
| R2_vs_R3 | 12 | 12 | 12 | 1 | 5.55e-16 | 5.33e-15 | 0.9068 | 1 |
| R2_vs_R4 | 51 | 51 | 51 | 1 | 5e-16 | 5.11e-15 | 0.9377 | 1 |
| R2_vs_R5 | 69 | 69 | 69 | 1 | 5e-16 | 4.88e-15 | 0.9374 | 1 |
| R2_vs_Y2 | 103 | 103 | 103 | 1 | 5.55e-16 | 4.62e-14 | 0.9205 | 1 |
| R3_vs_R4 | 99 | 99 | 99 | 1 | 5e-16 | 5.33e-15 | 0.9415 | 1 |
| R3_vs_R5 | 96 | 96 | 96 | 1 | 5.55e-16 | 5.33e-15 | 0.9514 | 1 |
| R3_vs_Y3 | 124 | 124 | 124 | 1 | 5e-16 | 4.97e-14 | 0.9153 | 1 |
| R4_vs_R5 | 35 | 35 | 35 | 1 | 5e-16 | 3.91e-14 | 0.9405 | 1 |
| R4_vs_Y4 | 150 | 149 | 149 | 1 | 5.55e-16 | 4.62e-14 | 0.9522 | 0.9933 |
| R5_vs_Y5 | 231 | 229 | 229 | 1 | 5e-16 | 4.8e-14 | 0.9501 | 0.9913 |
| Y1_vs_Y2 | 11 | 11 | 11 | 1 | 5.55e-16 | 4.88e-15 | 0.8641 | 1 |
| Y1_vs_Y3 | 19 | 19 | 19 | 1 | 5e-16 | 4.88e-15 | 0.8863 | 1 |
| Y1_vs_Y4 | 76 | 76 | 76 | 1 | 5e-16 | 4.88e-15 | 0.9187 | 1 |
| Y1_vs_Y5 | 110 | 109 | 109 | 1 | 5e-16 | 5.33e-15 | 0.9123 | 0.9909 |
| Y2_vs_Y3 | 12 | 12 | 12 | 1 | 5e-16 | 4.88e-15 | 0.88 | 1 |
| Y2_vs_Y4 | 102 | 102 | 102 | 1 | 5.55e-16 | 5.11e-15 | 0.9141 | 1 |
| Y2_vs_Y5 | 106 | 106 | 106 | 1 | 5e-16 | 4.97e-14 | 0.9091 | 1 |
| Y3_vs_Y4 | 103 | 103 | 103 | 1 | 5e-16 | 1.07e-14 | 0.916 | 1 |
| Y3_vs_Y5 | 125 | 122 | 122 | 1 | 5e-16 | 3.55e-14 | 0.9051 | 0.976 |
| Y4_vs_Y5 | 30 | 30 | 30 | 1 | 5e-16 | 5.33e-15 | 0.929 | 1 |
使用数据时请注意：① 代谢组未检出值由服务商填补，填补值为 10.018（约占全部数值的 2.31%），这类物质可能出现 ±15～25 的极端 log2FC，请结合 n_filled 列判断；② 本批数据没有 QC 样本，无法评估进样稳定性；③ R12 与 R13 的两组学配对可能对调，详见“样本一致性”。