方法与软件

方法：各步骤的方法写在对应页面的“?”里，这里集中列出阈值和版本。

结果：阈值全部来自配置文件。

阈值

项目	标准
差异基因	校正后 P<0.05，\|log2FC\|≥1（服务商判定）
差异代谢物	P<0.05，FC≥2，VIP≥1（Welch t 检验，P 未校正）
通路富集	超几何检验 + Fisher 合并 + BH，FDR<0.05
基因-代谢物相关	Pearson，\|r\|≥0.8，BH FDR<0.05
基因纳入	至少 3 个样本 FPKM≥1，或任一比较差异
通路范围	KEGG ko 层级，去总览图及人类疾病、器官系统、药物开发类；只保留 ath、osa、aof、vvi、gmx、sly、zma 至少一种具有的通路；排除甜菜红素 ko00965

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