GSEA 联合富集
不设差异阈值，用全部基因和代谢物的排序做 GSEA / MSEA，比较同一通路在两组学中的整体变化方向（NES）。
主要发现：45 个比较中两组学 GSEA 都显著且方向相同的“比较 × 通路”只有 1 个；只有基因端显著的有 551 个。代谢物端可检验的通路少，在“通路整体方向”层面两组学的一致证据很弱。
全局结果
全部比较的 NESPDF全部比较结果绘图数据
看 GSEA 结果在 45 个比较中的重复性。
各比较 GSEA 类别计数共 45 行下载全表| comparison | category | both_opposite | both_same_direction | gene_only | met_only | not_tested_in_both | ns |
|---|
| R1_vs_R2 | B_R组内跨水平 | 0 | 0 | 6 | 0 | 80 | 58 |
| R1_vs_R3 | B_R组内跨水平 | 0 | 0 | 8 | 1 | 77 | 58 |
| R1_vs_R4 | B_R组内跨水平 | 0 | 0 | 33 | 0 | 63 | 48 |
| R1_vs_R5 | B_R组内跨水平 | 0 | 0 | 42 | 2 | 58 | 41 |
| R1_vs_Y1 | A_同水平处理间 | 0 | 0 | 5 | 0 | 79 | 60 |
| R1_vs_Y2 | D_跨水平跨处理 | 0 | 0 | 6 | 0 | 79 | 59 |
| R1_vs_Y3 | D_跨水平跨处理 | 0 | 0 | 7 | 0 | 78 | 59 |
| R1_vs_Y4 | D_跨水平跨处理 | 0 | 0 | 8 | 0 | 77 | 59 |
| R1_vs_Y5 | D_跨水平跨处理 | 0 | 0 | 9 | 1 | 76 | 58 |
| R2_vs_R3 | B_R组内跨水平 | 0 | 0 | 2 | 0 | 81 | 61 |
| R2_vs_R4 | B_R组内跨水平 | 0 | 0 | 27 | 0 | 67 | 50 |
| R2_vs_R5 | B_R组内跨水平 | 0 | 0 | 15 | 0 | 72 | 56 |
| R2_vs_Y1 | D_跨水平跨处理 | 0 | 0 | 1 | 0 | 82 | 61 |
| R2_vs_Y2 | A_同水平处理间 | 0 | 0 | 3 | 0 | 80 | 61 |
| R2_vs_Y3 | D_跨水平跨处理 | 0 | 1 | 5 | 1 | 79 | 58 |
| R2_vs_Y4 | D_跨水平跨处理 | 0 | 0 | 12 | 0 | 75 | 57 |
| R2_vs_Y5 | D_跨水平跨处理 | 0 | 0 | 10 | 0 | 75 | 59 |
| R3_vs_R4 | B_R组内跨水平 | 0 | 0 | 20 | 0 | 71 | 53 |
| R3_vs_R5 | B_R组内跨水平 | 0 | 0 | 53 | 0 | 55 | 35 |
| R3_vs_Y1 | D_跨水平跨处理 | 0 | 0 | 9 | 0 | 80 | 55 |
| R3_vs_Y2 | D_跨水平跨处理 | 0 | 0 | 6 | 0 | 79 | 59 |
| R3_vs_Y3 | A_同水平处理间 | 0 | 0 | 4 | 0 | 79 | 61 |
| R3_vs_Y4 | D_跨水平跨处理 | 0 | 0 | 12 | 0 | 75 | 57 |
| R3_vs_Y5 | D_跨水平跨处理 | 0 | 0 | 22 | 0 | 73 | 49 |
| R4_vs_R5 | B_R组内跨水平 | 4 | 0 | 27 | 9 | 65 | 39 |
| R4_vs_Y1 | D_跨水平跨处理 | 0 | 0 | 7 | 10 | 77 | 50 |
| R4_vs_Y2 | D_跨水平跨处理 | 0 | 0 | 5 | 0 | 77 | 62 |
| R4_vs_Y3 | D_跨水平跨处理 | 0 | 0 | 10 | 3 | 76 | 55 |
| R4_vs_Y4 | A_同水平处理间 | 0 | 0 | 8 | 0 | 79 | 57 |
| R4_vs_Y5 | D_跨水平跨处理 | 0 | 0 | 9 | 0 | 77 | 58 |
| R5_vs_Y1 | D_跨水平跨处理 | 0 | 0 | 6 | 0 | 78 | 60 |
| R5_vs_Y2 | D_跨水平跨处理 | 0 | 0 | 9 | 0 | 75 | 60 |
| R5_vs_Y3 | D_跨水平跨处理 | 0 | 0 | 17 | 0 | 72 | 55 |
| R5_vs_Y4 | D_跨水平跨处理 | 0 | 0 | 16 | 1 | 73 | 53 |
| R5_vs_Y5 | A_同水平处理间 | 0 | 0 | 14 | 0 | 74 | 55 |
| Y1_vs_Y2 | C_Y组内跨水平 | 0 | 0 | 3 | 0 | 80 | 61 |
| Y1_vs_Y3 | C_Y组内跨水平 | 0 | 0 | 11 | 0 | 76 | 57 |
| Y1_vs_Y4 | C_Y组内跨水平 | 0 | 0 | 8 | 0 | 78 | 58 |
| Y1_vs_Y5 | C_Y组内跨水平 | 0 | 0 | 3 | 0 | 79 | 62 |
| Y2_vs_Y3 | C_Y组内跨水平 | 0 | 0 | 20 | 0 | 71 | 53 |
| Y2_vs_Y4 | C_Y组内跨水平 | 0 | 0 | 15 | 0 | 75 | 54 |
| Y2_vs_Y5 | C_Y组内跨水平 | 0 | 0 | 5 | 0 | 79 | 60 |
| Y3_vs_Y4 | C_Y组内跨水平 | 1 | 0 | 7 | 5 | 78 | 53 |
| Y3_vs_Y5 | C_Y组内跨水平 | 0 | 0 | 10 | 0 | 77 | 57 |
| Y4_vs_Y5 | C_Y组内跨水平 | 0 | 0 | 16 | 0 | 74 | 54 |
各比较结果
各比较 GSEA 类别计数
both_same_direction 两边 padj<0.05 且 NES 同号；both_opposite 两边显著但反向；gene_only、met_only 只有一边显著；ns 两边都能检验但都不显著；not_tested_in_both 至少一个组学不可检验（成员不足 3 个）。
R1_vs_Y1 GSEA 联合结果
NES_gene、NES_met 为两组学的标准化富集分数，正值表示通路成员在后一组整体偏高；padj 为该组学内 BH 校正 P；p_joint 为两边 P 的 Fisher 合并，fdr_joint 为该比较内 BH 校正；class 为判定类别（见方法）。
R2_vs_Y2 GSEA 联合结果
NES_gene、NES_met 为两组学的标准化富集分数，正值表示通路成员在后一组整体偏高；padj 为该组学内 BH 校正 P；p_joint 为两边 P 的 Fisher 合并，fdr_joint 为该比较内 BH 校正；class 为判定类别（见方法）。
R3_vs_Y3 GSEA 联合结果
NES_gene、NES_met 为两组学的标准化富集分数，正值表示通路成员在后一组整体偏高；padj 为该组学内 BH 校正 P；p_joint 为两边 P 的 Fisher 合并，fdr_joint 为该比较内 BH 校正；class 为判定类别（见方法）。
R4_vs_Y4 GSEA 联合结果
NES_gene、NES_met 为两组学的标准化富集分数，正值表示通路成员在后一组整体偏高；padj 为该组学内 BH 校正 P；p_joint 为两边 P 的 Fisher 合并，fdr_joint 为该比较内 BH 校正；class 为判定类别（见方法）。
R5_vs_Y5 GSEA 联合结果
NES_gene、NES_met 为两组学的标准化富集分数，正值表示通路成员在后一组整体偏高；padj 为该组学内 BH 校正 P；p_joint 为两边 P 的 Fisher 合并，fdr_joint 为该比较内 BH 校正；class 为判定类别（见方法）。
R1_vs_R2 GSEA 联合结果
NES_gene、NES_met 为两组学的标准化富集分数，正值表示通路成员在后一组整体偏高；padj 为该组学内 BH 校正 P；p_joint 为两边 P 的 Fisher 合并，fdr_joint 为该比较内 BH 校正；class 为判定类别（见方法）。
R1_vs_R3 GSEA 联合结果
NES_gene、NES_met 为两组学的标准化富集分数，正值表示通路成员在后一组整体偏高；padj 为该组学内 BH 校正 P；p_joint 为两边 P 的 Fisher 合并，fdr_joint 为该比较内 BH 校正；class 为判定类别（见方法）。
R1_vs_R4 GSEA 联合结果
NES_gene、NES_met 为两组学的标准化富集分数，正值表示通路成员在后一组整体偏高；padj 为该组学内 BH 校正 P；p_joint 为两边 P 的 Fisher 合并，fdr_joint 为该比较内 BH 校正；class 为判定类别（见方法）。
R1_vs_R5 GSEA 联合结果
NES_gene、NES_met 为两组学的标准化富集分数，正值表示通路成员在后一组整体偏高；padj 为该组学内 BH 校正 P；p_joint 为两边 P 的 Fisher 合并，fdr_joint 为该比较内 BH 校正；class 为判定类别（见方法）。
R2_vs_R3 GSEA 联合结果
NES_gene、NES_met 为两组学的标准化富集分数，正值表示通路成员在后一组整体偏高；padj 为该组学内 BH 校正 P；p_joint 为两边 P 的 Fisher 合并，fdr_joint 为该比较内 BH 校正；class 为判定类别（见方法）。
R2_vs_R4 GSEA 联合结果
NES_gene、NES_met 为两组学的标准化富集分数，正值表示通路成员在后一组整体偏高；padj 为该组学内 BH 校正 P；p_joint 为两边 P 的 Fisher 合并，fdr_joint 为该比较内 BH 校正；class 为判定类别（见方法）。
R2_vs_R5 GSEA 联合结果
NES_gene、NES_met 为两组学的标准化富集分数，正值表示通路成员在后一组整体偏高；padj 为该组学内 BH 校正 P；p_joint 为两边 P 的 Fisher 合并，fdr_joint 为该比较内 BH 校正；class 为判定类别（见方法）。
R3_vs_R4 GSEA 联合结果
NES_gene、NES_met 为两组学的标准化富集分数，正值表示通路成员在后一组整体偏高；padj 为该组学内 BH 校正 P；p_joint 为两边 P 的 Fisher 合并，fdr_joint 为该比较内 BH 校正；class 为判定类别（见方法）。
R3_vs_R5 GSEA 联合结果
NES_gene、NES_met 为两组学的标准化富集分数，正值表示通路成员在后一组整体偏高；padj 为该组学内 BH 校正 P；p_joint 为两边 P 的 Fisher 合并，fdr_joint 为该比较内 BH 校正；class 为判定类别（见方法）。
R4_vs_R5 GSEA 联合结果
NES_gene、NES_met 为两组学的标准化富集分数，正值表示通路成员在后一组整体偏高；padj 为该组学内 BH 校正 P；p_joint 为两边 P 的 Fisher 合并，fdr_joint 为该比较内 BH 校正；class 为判定类别（见方法）。
Y1_vs_Y2 GSEA 联合结果
NES_gene、NES_met 为两组学的标准化富集分数，正值表示通路成员在后一组整体偏高；padj 为该组学内 BH 校正 P；p_joint 为两边 P 的 Fisher 合并，fdr_joint 为该比较内 BH 校正；class 为判定类别（见方法）。
Y1_vs_Y3 GSEA 联合结果
NES_gene、NES_met 为两组学的标准化富集分数，正值表示通路成员在后一组整体偏高；padj 为该组学内 BH 校正 P；p_joint 为两边 P 的 Fisher 合并，fdr_joint 为该比较内 BH 校正；class 为判定类别（见方法）。
Y1_vs_Y4 GSEA 联合结果
NES_gene、NES_met 为两组学的标准化富集分数，正值表示通路成员在后一组整体偏高；padj 为该组学内 BH 校正 P；p_joint 为两边 P 的 Fisher 合并，fdr_joint 为该比较内 BH 校正；class 为判定类别（见方法）。
Y1_vs_Y5 GSEA 联合结果
NES_gene、NES_met 为两组学的标准化富集分数，正值表示通路成员在后一组整体偏高；padj 为该组学内 BH 校正 P；p_joint 为两边 P 的 Fisher 合并，fdr_joint 为该比较内 BH 校正；class 为判定类别（见方法）。
Y2_vs_Y3 GSEA 联合结果
NES_gene、NES_met 为两组学的标准化富集分数，正值表示通路成员在后一组整体偏高；padj 为该组学内 BH 校正 P；p_joint 为两边 P 的 Fisher 合并，fdr_joint 为该比较内 BH 校正；class 为判定类别（见方法）。
Y2_vs_Y4 GSEA 联合结果
NES_gene、NES_met 为两组学的标准化富集分数，正值表示通路成员在后一组整体偏高；padj 为该组学内 BH 校正 P；p_joint 为两边 P 的 Fisher 合并，fdr_joint 为该比较内 BH 校正；class 为判定类别（见方法）。
Y2_vs_Y5 GSEA 联合结果
NES_gene、NES_met 为两组学的标准化富集分数，正值表示通路成员在后一组整体偏高；padj 为该组学内 BH 校正 P；p_joint 为两边 P 的 Fisher 合并，fdr_joint 为该比较内 BH 校正；class 为判定类别（见方法）。
Y3_vs_Y4 GSEA 联合结果
NES_gene、NES_met 为两组学的标准化富集分数，正值表示通路成员在后一组整体偏高；padj 为该组学内 BH 校正 P；p_joint 为两边 P 的 Fisher 合并，fdr_joint 为该比较内 BH 校正；class 为判定类别（见方法）。
Y3_vs_Y5 GSEA 联合结果
NES_gene、NES_met 为两组学的标准化富集分数，正值表示通路成员在后一组整体偏高；padj 为该组学内 BH 校正 P；p_joint 为两边 P 的 Fisher 合并，fdr_joint 为该比较内 BH 校正；class 为判定类别（见方法）。
Y4_vs_Y5 GSEA 联合结果
NES_gene、NES_met 为两组学的标准化富集分数，正值表示通路成员在后一组整体偏高；padj 为该组学内 BH 校正 P；p_joint 为两边 P 的 Fisher 合并，fdr_joint 为该比较内 BH 校正；class 为判定类别（见方法）。
R1_vs_Y2 GSEA 联合结果
NES_gene、NES_met 为两组学的标准化富集分数，正值表示通路成员在后一组整体偏高；padj 为该组学内 BH 校正 P；p_joint 为两边 P 的 Fisher 合并，fdr_joint 为该比较内 BH 校正；class 为判定类别（见方法）。
R1_vs_Y3 GSEA 联合结果
NES_gene、NES_met 为两组学的标准化富集分数，正值表示通路成员在后一组整体偏高；padj 为该组学内 BH 校正 P；p_joint 为两边 P 的 Fisher 合并，fdr_joint 为该比较内 BH 校正；class 为判定类别（见方法）。
R1_vs_Y4 GSEA 联合结果
NES_gene、NES_met 为两组学的标准化富集分数，正值表示通路成员在后一组整体偏高；padj 为该组学内 BH 校正 P；p_joint 为两边 P 的 Fisher 合并，fdr_joint 为该比较内 BH 校正；class 为判定类别（见方法）。
R1_vs_Y5 GSEA 联合结果
NES_gene、NES_met 为两组学的标准化富集分数，正值表示通路成员在后一组整体偏高；padj 为该组学内 BH 校正 P；p_joint 为两边 P 的 Fisher 合并，fdr_joint 为该比较内 BH 校正；class 为判定类别（见方法）。
R2_vs_Y1 GSEA 联合结果
NES_gene、NES_met 为两组学的标准化富集分数，正值表示通路成员在后一组整体偏高；padj 为该组学内 BH 校正 P；p_joint 为两边 P 的 Fisher 合并，fdr_joint 为该比较内 BH 校正；class 为判定类别（见方法）。
R2_vs_Y3 GSEA 联合结果
NES_gene、NES_met 为两组学的标准化富集分数，正值表示通路成员在后一组整体偏高；padj 为该组学内 BH 校正 P；p_joint 为两边 P 的 Fisher 合并，fdr_joint 为该比较内 BH 校正；class 为判定类别（见方法）。
R2_vs_Y4 GSEA 联合结果
NES_gene、NES_met 为两组学的标准化富集分数，正值表示通路成员在后一组整体偏高；padj 为该组学内 BH 校正 P；p_joint 为两边 P 的 Fisher 合并，fdr_joint 为该比较内 BH 校正；class 为判定类别（见方法）。
R2_vs_Y5 GSEA 联合结果
NES_gene、NES_met 为两组学的标准化富集分数，正值表示通路成员在后一组整体偏高；padj 为该组学内 BH 校正 P；p_joint 为两边 P 的 Fisher 合并，fdr_joint 为该比较内 BH 校正；class 为判定类别（见方法）。
R3_vs_Y1 GSEA 联合结果
NES_gene、NES_met 为两组学的标准化富集分数，正值表示通路成员在后一组整体偏高；padj 为该组学内 BH 校正 P；p_joint 为两边 P 的 Fisher 合并，fdr_joint 为该比较内 BH 校正；class 为判定类别（见方法）。
R3_vs_Y2 GSEA 联合结果
NES_gene、NES_met 为两组学的标准化富集分数，正值表示通路成员在后一组整体偏高；padj 为该组学内 BH 校正 P；p_joint 为两边 P 的 Fisher 合并，fdr_joint 为该比较内 BH 校正；class 为判定类别（见方法）。
R3_vs_Y4 GSEA 联合结果
NES_gene、NES_met 为两组学的标准化富集分数，正值表示通路成员在后一组整体偏高；padj 为该组学内 BH 校正 P；p_joint 为两边 P 的 Fisher 合并，fdr_joint 为该比较内 BH 校正；class 为判定类别（见方法）。
R3_vs_Y5 GSEA 联合结果
NES_gene、NES_met 为两组学的标准化富集分数，正值表示通路成员在后一组整体偏高；padj 为该组学内 BH 校正 P；p_joint 为两边 P 的 Fisher 合并，fdr_joint 为该比较内 BH 校正；class 为判定类别（见方法）。
R4_vs_Y1 GSEA 联合结果
NES_gene、NES_met 为两组学的标准化富集分数，正值表示通路成员在后一组整体偏高；padj 为该组学内 BH 校正 P；p_joint 为两边 P 的 Fisher 合并，fdr_joint 为该比较内 BH 校正；class 为判定类别（见方法）。
R4_vs_Y2 GSEA 联合结果
NES_gene、NES_met 为两组学的标准化富集分数，正值表示通路成员在后一组整体偏高；padj 为该组学内 BH 校正 P；p_joint 为两边 P 的 Fisher 合并，fdr_joint 为该比较内 BH 校正；class 为判定类别（见方法）。
R4_vs_Y3 GSEA 联合结果
NES_gene、NES_met 为两组学的标准化富集分数，正值表示通路成员在后一组整体偏高；padj 为该组学内 BH 校正 P；p_joint 为两边 P 的 Fisher 合并，fdr_joint 为该比较内 BH 校正；class 为判定类别（见方法）。
R4_vs_Y5 GSEA 联合结果
NES_gene、NES_met 为两组学的标准化富集分数，正值表示通路成员在后一组整体偏高；padj 为该组学内 BH 校正 P；p_joint 为两边 P 的 Fisher 合并，fdr_joint 为该比较内 BH 校正；class 为判定类别（见方法）。
R5_vs_Y1 GSEA 联合结果
NES_gene、NES_met 为两组学的标准化富集分数，正值表示通路成员在后一组整体偏高；padj 为该组学内 BH 校正 P；p_joint 为两边 P 的 Fisher 合并，fdr_joint 为该比较内 BH 校正；class 为判定类别（见方法）。
R5_vs_Y2 GSEA 联合结果
NES_gene、NES_met 为两组学的标准化富集分数，正值表示通路成员在后一组整体偏高；padj 为该组学内 BH 校正 P；p_joint 为两边 P 的 Fisher 合并，fdr_joint 为该比较内 BH 校正；class 为判定类别（见方法）。
R5_vs_Y3 GSEA 联合结果
NES_gene、NES_met 为两组学的标准化富集分数，正值表示通路成员在后一组整体偏高；padj 为该组学内 BH 校正 P；p_joint 为两边 P 的 Fisher 合并，fdr_joint 为该比较内 BH 校正；class 为判定类别（见方法）。
R5_vs_Y4 GSEA 联合结果
NES_gene、NES_met 为两组学的标准化富集分数，正值表示通路成员在后一组整体偏高；padj 为该组学内 BH 校正 P；p_joint 为两边 P 的 Fisher 合并，fdr_joint 为该比较内 BH 校正；class 为判定类别（见方法）。
