已知反应配对
方法:用 KEGG 反应把酶基因和其底物、产物配对,再看方向是否一致。
结果:39 个比较存在已知配对;不可逆反应方向一致比例中位数 0.55。方向一致性详见下方各比较。
方法:用 KEGG 反应把酶基因和其底物、产物配对,再看方向是否一致。
结果:39 个比较存在已知配对;不可逆反应方向一致比例中位数 0.55。方向一致性详见下方各比较。
给相关性提供生化依据:配对来自已知反应,而不是样本共变。
基因-KO 映射、KEGG 反应、代谢物-化合物编号;排除水、ATP、NADH 等辅因子。
基因上调且产物上调或底物下调,或基因下调且产物下调或底物上调,记为方向一致。可逆反应不判断方向。方向一致比例用打乱基因方向的置换检验评估。
一致比例接近 0.5 说明代谢物变化不能由酶转录水平解释,这在代谢调控中很常见(酶活、底物供应、转运都会影响)。
注:配对来自 KEGG 反应,不表示样本间相关。圆点=代谢物是产物,三角=底物。红=方向一致(基因上调且产物上调或底物下调,反之亦然),蓝=不一致,灰=可逆反应,无法判断方向。
pathway 通路;reaction KEGG 反应;role 代谢物角色;consistency 方向一致性;r_all 为 30 样本相关,空值表示未达到 |r|≥0.8。
注:配对来自 KEGG 反应,不表示样本间相关。圆点=代谢物是产物,三角=底物。红=方向一致(基因上调且产物上调或底物下调,反之亦然),蓝=不一致,灰=可逆反应,无法判断方向。
pathway 通路;reaction KEGG 反应;role 代谢物角色;consistency 方向一致性;r_all 为 30 样本相关,空值表示未达到 |r|≥0.8。
注:配对来自 KEGG 反应,不表示样本间相关。圆点=代谢物是产物,三角=底物。红=方向一致(基因上调且产物上调或底物下调,反之亦然),蓝=不一致,灰=可逆反应,无法判断方向。
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注:配对来自 KEGG 反应,不表示样本间相关。圆点=代谢物是产物,三角=底物。红=方向一致(基因上调且产物上调或底物下调,反之亦然),蓝=不一致,灰=可逆反应,无法判断方向。
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注:配对来自 KEGG 反应,不表示样本间相关。圆点=代谢物是产物,三角=底物。红=方向一致(基因上调且产物上调或底物下调,反之亦然),蓝=不一致,灰=可逆反应,无法判断方向。
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注:配对来自 KEGG 反应,不表示样本间相关。圆点=代谢物是产物,三角=底物。红=方向一致(基因上调且产物上调或底物下调,反之亦然),蓝=不一致,灰=可逆反应,无法判断方向。
注:配对来自 KEGG 反应,不表示样本间相关。圆点=代谢物是产物,三角=底物。红=方向一致(基因上调且产物上调或底物下调,反之亦然),蓝=不一致,灰=可逆反应,无法判断方向。
注:配对来自 KEGG 反应,不表示样本间相关。圆点=代谢物是产物,三角=底物。红=方向一致(基因上调且产物上调或底物下调,反之亦然),蓝=不一致,灰=可逆反应,无法判断方向。
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注:配对来自 KEGG 反应,不表示样本间相关。圆点=代谢物是产物,三角=底物。红=方向一致(基因上调且产物上调或底物下调,反之亦然),蓝=不一致,灰=可逆反应,无法判断方向。
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注:配对来自 KEGG 反应,不表示样本间相关。圆点=代谢物是产物,三角=底物。红=方向一致(基因上调且产物上调或底物下调,反之亦然),蓝=不一致,灰=可逆反应,无法判断方向。
注:配对来自 KEGG 反应,不表示样本间相关。圆点=代谢物是产物,三角=底物。红=方向一致(基因上调且产物上调或底物下调,反之亦然),蓝=不一致,灰=可逆反应,无法判断方向。
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注:配对来自 KEGG 反应,不表示样本间相关。圆点=代谢物是产物,三角=底物。红=方向一致(基因上调且产物上调或底物下调,反之亦然),蓝=不一致,灰=可逆反应,无法判断方向。
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注:配对来自 KEGG 反应,不表示样本间相关。圆点=代谢物是产物,三角=底物。红=方向一致(基因上调且产物上调或底物下调,反之亦然),蓝=不一致,灰=可逆反应,无法判断方向。
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