样本一致性
方法：PCA 后用 Procrustes、Mantel、RV、Co-inertia 比较两组学的样本结构。
结果：两组学整体一致（Procrustes r=0.818，P=0.001）；扣除组均值后仍有个体对应（组内 Mantel r=0.595，P=0.014）。R12 与 R13 对调后组内相关提升 0.113，明显高于其他配对（次高 0.029），建议核对这两个样本的标签。
一致性统计下载全表| method | statistic | p | note |
|---|
| Procrustes | 0.8181 | 0.000999 | protest 对称 Procrustes 相关 |
| Mantel_all | 0.5933 | 0.000999 | 全部样本距离矩阵 Pearson |
| Mantel_within_group | 0.5951 | 0.01399 | 扣除组均值后，组内置换 |
| RV | 0.7606 | 0.000999 | 前5主成分 RV 系数 |
| Coinertia_RV | 0.7606 | 0.000999 | co-inertia RV |
未检出填补方式的敏感性下载全表| method | metabolites | procrustes_r |
|---|
| 服务商填补值 10.018 | 1283 | 0.818 |
| 半最小值填补（本流程采用） | 1283 | 0.8181 |
| 去掉含未检出的代谢物 | 1170 | 0.8166 |
各比较组
各比较 Procrustes下载全表| comparison | procrustes_r | procrustes_p | gene_pc1 | met_pc1 |
|---|
| R1_vs_Y1 | 0.7364 | 0.3194 | 0.3877 | 0.3074 |
| R2_vs_Y2 | 0.7733 | 0.1903 | 0.3793 | 0.3687 |
| R3_vs_Y3 | 0.8502 | 0.04722 | 0.4209 | 0.3679 |
| R4_vs_Y4 | 0.7283 | 0.2694 | 0.466 | 0.4199 |
| R5_vs_Y5 | 0.8198 | 0.07361 | 0.5373 | 0.4346 |
| R1_vs_R2 | 0.659 | 0.5819 | 0.4036 | 0.3735 |
| R1_vs_R3 | 0.7465 | 0.2736 | 0.4244 | 0.3529 |
| R1_vs_R4 | 0.7985 | 0.1042 | 0.5185 | 0.38 |
| R1_vs_R5 | 0.8532 | 0.02917 | 0.5462 | 0.3478 |
| R2_vs_R3 | 0.9109 | 0.0125 | 0.423 | 0.393 |
| R2_vs_R4 | 0.8571 | 0.02639 | 0.4666 | 0.3809 |
| R2_vs_R5 | 0.7849 | 0.1319 | 0.509 | 0.3541 |
| R3_vs_R4 | 0.8782 | 0.009722 | 0.5389 | 0.4005 |
| R3_vs_R5 | 0.8264 | 0.07222 | 0.5704 | 0.3801 |
| R4_vs_R5 | 0.6734 | 0.5306 | 0.3726 | 0.3679 |
| Y1_vs_Y2 | 0.7962 | 0.1681 | 0.4121 | 0.3151 |
| Y1_vs_Y3 | 0.8568 | 0.04861 | 0.3798 | 0.3469 |
| Y1_vs_Y4 | 0.9166 | 0.009722 | 0.3596 | 0.3424 |
| Y1_vs_Y5 | 0.8857 | 0.001389 | 0.4343 | 0.3449 |
| Y2_vs_Y3 | 0.8428 | 0.05 | 0.4202 | 0.337 |
| Y2_vs_Y4 | 0.9442 | 0.004167 | 0.339 | 0.3711 |
| Y2_vs_Y5 | 0.7585 | 0.2125 | 0.4167 | 0.3625 |
| Y3_vs_Y4 | 0.9055 | 0.009722 | 0.404 | 0.3611 |
| Y3_vs_Y5 | 0.8375 | 0.01944 | 0.4555 | 0.3759 |
| Y4_vs_Y5 | 0.8255 | 0.07222 | 0.4255 | 0.3225 |
| R1_vs_Y2 | 0.6729 | 0.5403 | 0.3919 | 0.3305 |
| R1_vs_Y3 | 0.7561 | 0.2375 | 0.3946 | 0.3297 |
| R1_vs_Y4 | 0.9348 | 0.04861 | 0.4924 | 0.4346 |
| R1_vs_Y5 | 0.8379 | 0.03889 | 0.5745 | 0.4397 |
| R2_vs_Y1 | 0.9371 | 0.002778 | 0.3696 | 0.3416 |
| R2_vs_Y3 | 0.9781 | 0.001389 | 0.3725 | 0.3516 |
| R2_vs_Y4 | 0.919 | 0.01806 | 0.4609 | 0.4303 |
| R2_vs_Y5 | 0.9187 | 0.002778 | 0.5444 | 0.4402 |
| R3_vs_Y1 | 0.8817 | 0.02917 | 0.4128 | 0.336 |
| R3_vs_Y2 | 0.8479 | 0.05972 | 0.4173 | 0.3602 |
| R3_vs_Y4 | 0.866 | 0.0375 | 0.5254 | 0.4585 |
| R3_vs_Y5 | 0.9502 | 0.009722 | 0.6052 | 0.4671 |
| R4_vs_Y1 | 0.9359 | 0.01389 | 0.4619 | 0.417 |
| R4_vs_Y2 | 0.9503 | 0.006944 | 0.4637 | 0.4473 |
| R4_vs_Y3 | 0.9145 | 0.02778 | 0.4754 | 0.4632 |
| R4_vs_Y5 | 0.8025 | 0.07639 | 0.5125 | 0.4569 |
| R5_vs_Y1 | 0.8187 | 0.08194 | 0.5162 | 0.4127 |
| R5_vs_Y2 | 0.7912 | 0.1167 | 0.5137 | 0.4269 |
| R5_vs_Y3 | 0.9027 | 0.02083 | 0.5265 | 0.4376 |
| R5_vs_Y4 | 0.745 | 0.1681 | 0.5441 | 0.4831 |
样本一致性
分析目的
确认同一批样本在两组学上呈现相似的样本关系，这是配对相关和多组学建模的前提。
输入数据
表达过滤后的基因 log2(FPKM+1)；全部代谢物 log2 强度；30 个样本。
分析方法
PCA 取前 5 个主成分；Procrustes 用对称旋转并置换检验；Mantel 用样本距离矩阵；组内 Mantel 先减去组均值，只在组内置换；样本对调扫描逐一交换同组两个样本的代谢组标签，看组内 Mantel r 变化。
结果怎么看
r 越接近 1 越一致。组内 Mantel 排除了组间差异的影响，更能反映样本是否真正配对。对调后 r 明显升高提示可能存在标签问题，但不是结论，需查送样记录。
两组学 PCA
注：每个点是一个样本，颜色和形状代表分组。坐标轴括号内是解释方差比例。
Procrustes 分析
注：实心点为转录组，空心点为代谢组，连线为同一样本。连线越短，两组学越一致。
样本标签对调扫描
注：横坐标是对调同组两个样本后组内 Mantel r 的变化，正值越大越提示这两个样本标签可能互换。
转录组样本相关热图
注：颜色是样本间 Pearson 相关。
代谢组样本相关热图
注：颜色是样本间 Pearson 相关。
一致性统计
statistic 为各方法统计量，p 为置换检验 P。
未检出填补方式的敏感性
分别用服务商填补值、半最小值、去掉含未检出的代谢物三种方式重算样本一致性，结果接近说明结论不依赖填补方式。
各比较 Procrustes
每个比较只有 6 个样本，P 仅作参考。
R1_vs_Y1 两组学样本分布
注：左、中分别是该比较 6 个样本的转录组、代谢组 PCA；右为 Procrustes，实心点是转录组，空心点是代谢组，连线越短两组学越一致。只有 6 个样本，r 仅作描述。不同分组用不同颜色和形状。代谢物未检出值用该物质最小检出值的一半填补，只用于 PCA。
R2_vs_Y2 两组学样本分布
注：左、中分别是该比较 6 个样本的转录组、代谢组 PCA；右为 Procrustes，实心点是转录组，空心点是代谢组，连线越短两组学越一致。只有 6 个样本，r 仅作描述。不同分组用不同颜色和形状。代谢物未检出值用该物质最小检出值的一半填补，只用于 PCA。
R3_vs_Y3 两组学样本分布
注：左、中分别是该比较 6 个样本的转录组、代谢组 PCA；右为 Procrustes，实心点是转录组，空心点是代谢组，连线越短两组学越一致。只有 6 个样本，r 仅作描述。不同分组用不同颜色和形状。代谢物未检出值用该物质最小检出值的一半填补，只用于 PCA。
R4_vs_Y4 两组学样本分布
注：左、中分别是该比较 6 个样本的转录组、代谢组 PCA；右为 Procrustes，实心点是转录组，空心点是代谢组，连线越短两组学越一致。只有 6 个样本，r 仅作描述。不同分组用不同颜色和形状。代谢物未检出值用该物质最小检出值的一半填补，只用于 PCA。
R5_vs_Y5 两组学样本分布
注：左、中分别是该比较 6 个样本的转录组、代谢组 PCA；右为 Procrustes，实心点是转录组，空心点是代谢组，连线越短两组学越一致。只有 6 个样本，r 仅作描述。不同分组用不同颜色和形状。代谢物未检出值用该物质最小检出值的一半填补，只用于 PCA。
R1_vs_R2 两组学样本分布
注：左、中分别是该比较 6 个样本的转录组、代谢组 PCA；右为 Procrustes，实心点是转录组，空心点是代谢组，连线越短两组学越一致。只有 6 个样本，r 仅作描述。不同分组用不同颜色和形状。代谢物未检出值用该物质最小检出值的一半填补，只用于 PCA。
R1_vs_R3 两组学样本分布
注：左、中分别是该比较 6 个样本的转录组、代谢组 PCA；右为 Procrustes，实心点是转录组，空心点是代谢组，连线越短两组学越一致。只有 6 个样本，r 仅作描述。不同分组用不同颜色和形状。代谢物未检出值用该物质最小检出值的一半填补，只用于 PCA。
R1_vs_R4 两组学样本分布
注：左、中分别是该比较 6 个样本的转录组、代谢组 PCA；右为 Procrustes，实心点是转录组，空心点是代谢组，连线越短两组学越一致。只有 6 个样本，r 仅作描述。不同分组用不同颜色和形状。代谢物未检出值用该物质最小检出值的一半填补，只用于 PCA。
R1_vs_R5 两组学样本分布
注：左、中分别是该比较 6 个样本的转录组、代谢组 PCA；右为 Procrustes，实心点是转录组，空心点是代谢组，连线越短两组学越一致。只有 6 个样本，r 仅作描述。不同分组用不同颜色和形状。代谢物未检出值用该物质最小检出值的一半填补，只用于 PCA。
R2_vs_R3 两组学样本分布
注：左、中分别是该比较 6 个样本的转录组、代谢组 PCA；右为 Procrustes，实心点是转录组，空心点是代谢组，连线越短两组学越一致。只有 6 个样本，r 仅作描述。不同分组用不同颜色和形状。代谢物未检出值用该物质最小检出值的一半填补，只用于 PCA。
R2_vs_R4 两组学样本分布
注：左、中分别是该比较 6 个样本的转录组、代谢组 PCA；右为 Procrustes，实心点是转录组，空心点是代谢组，连线越短两组学越一致。只有 6 个样本，r 仅作描述。不同分组用不同颜色和形状。代谢物未检出值用该物质最小检出值的一半填补，只用于 PCA。
R2_vs_R5 两组学样本分布
注：左、中分别是该比较 6 个样本的转录组、代谢组 PCA；右为 Procrustes，实心点是转录组，空心点是代谢组，连线越短两组学越一致。只有 6 个样本，r 仅作描述。不同分组用不同颜色和形状。代谢物未检出值用该物质最小检出值的一半填补，只用于 PCA。
R3_vs_R4 两组学样本分布
注：左、中分别是该比较 6 个样本的转录组、代谢组 PCA；右为 Procrustes，实心点是转录组，空心点是代谢组，连线越短两组学越一致。只有 6 个样本，r 仅作描述。不同分组用不同颜色和形状。代谢物未检出值用该物质最小检出值的一半填补，只用于 PCA。
R3_vs_R5 两组学样本分布
注：左、中分别是该比较 6 个样本的转录组、代谢组 PCA；右为 Procrustes，实心点是转录组，空心点是代谢组，连线越短两组学越一致。只有 6 个样本，r 仅作描述。不同分组用不同颜色和形状。代谢物未检出值用该物质最小检出值的一半填补，只用于 PCA。
R4_vs_R5 两组学样本分布
注：左、中分别是该比较 6 个样本的转录组、代谢组 PCA；右为 Procrustes，实心点是转录组，空心点是代谢组，连线越短两组学越一致。只有 6 个样本，r 仅作描述。不同分组用不同颜色和形状。代谢物未检出值用该物质最小检出值的一半填补，只用于 PCA。
Y1_vs_Y2 两组学样本分布
注：左、中分别是该比较 6 个样本的转录组、代谢组 PCA；右为 Procrustes，实心点是转录组，空心点是代谢组，连线越短两组学越一致。只有 6 个样本，r 仅作描述。不同分组用不同颜色和形状。代谢物未检出值用该物质最小检出值的一半填补，只用于 PCA。
Y1_vs_Y3 两组学样本分布
注：左、中分别是该比较 6 个样本的转录组、代谢组 PCA；右为 Procrustes，实心点是转录组，空心点是代谢组，连线越短两组学越一致。只有 6 个样本，r 仅作描述。不同分组用不同颜色和形状。代谢物未检出值用该物质最小检出值的一半填补，只用于 PCA。
Y1_vs_Y4 两组学样本分布
注：左、中分别是该比较 6 个样本的转录组、代谢组 PCA；右为 Procrustes，实心点是转录组，空心点是代谢组，连线越短两组学越一致。只有 6 个样本，r 仅作描述。不同分组用不同颜色和形状。代谢物未检出值用该物质最小检出值的一半填补，只用于 PCA。
Y1_vs_Y5 两组学样本分布
注：左、中分别是该比较 6 个样本的转录组、代谢组 PCA；右为 Procrustes，实心点是转录组，空心点是代谢组，连线越短两组学越一致。只有 6 个样本，r 仅作描述。不同分组用不同颜色和形状。代谢物未检出值用该物质最小检出值的一半填补，只用于 PCA。
Y2_vs_Y3 两组学样本分布
注：左、中分别是该比较 6 个样本的转录组、代谢组 PCA；右为 Procrustes，实心点是转录组，空心点是代谢组，连线越短两组学越一致。只有 6 个样本，r 仅作描述。不同分组用不同颜色和形状。代谢物未检出值用该物质最小检出值的一半填补，只用于 PCA。
Y2_vs_Y4 两组学样本分布
注：左、中分别是该比较 6 个样本的转录组、代谢组 PCA；右为 Procrustes，实心点是转录组，空心点是代谢组，连线越短两组学越一致。只有 6 个样本，r 仅作描述。不同分组用不同颜色和形状。代谢物未检出值用该物质最小检出值的一半填补，只用于 PCA。
Y2_vs_Y5 两组学样本分布
注：左、中分别是该比较 6 个样本的转录组、代谢组 PCA；右为 Procrustes，实心点是转录组，空心点是代谢组，连线越短两组学越一致。只有 6 个样本，r 仅作描述。不同分组用不同颜色和形状。代谢物未检出值用该物质最小检出值的一半填补，只用于 PCA。
Y3_vs_Y4 两组学样本分布
注：左、中分别是该比较 6 个样本的转录组、代谢组 PCA；右为 Procrustes，实心点是转录组，空心点是代谢组，连线越短两组学越一致。只有 6 个样本，r 仅作描述。不同分组用不同颜色和形状。代谢物未检出值用该物质最小检出值的一半填补，只用于 PCA。
Y3_vs_Y5 两组学样本分布
注：左、中分别是该比较 6 个样本的转录组、代谢组 PCA；右为 Procrustes，实心点是转录组，空心点是代谢组，连线越短两组学越一致。只有 6 个样本，r 仅作描述。不同分组用不同颜色和形状。代谢物未检出值用该物质最小检出值的一半填补，只用于 PCA。
Y4_vs_Y5 两组学样本分布
注：左、中分别是该比较 6 个样本的转录组、代谢组 PCA；右为 Procrustes，实心点是转录组，空心点是代谢组，连线越短两组学越一致。只有 6 个样本，r 仅作描述。不同分组用不同颜色和形状。代谢物未检出值用该物质最小检出值的一半填补，只用于 PCA。
R1_vs_Y2 两组学样本分布
注：左、中分别是该比较 6 个样本的转录组、代谢组 PCA；右为 Procrustes，实心点是转录组，空心点是代谢组，连线越短两组学越一致。只有 6 个样本，r 仅作描述。不同分组用不同颜色和形状。代谢物未检出值用该物质最小检出值的一半填补，只用于 PCA。
R1_vs_Y3 两组学样本分布
注：左、中分别是该比较 6 个样本的转录组、代谢组 PCA；右为 Procrustes，实心点是转录组，空心点是代谢组，连线越短两组学越一致。只有 6 个样本，r 仅作描述。不同分组用不同颜色和形状。代谢物未检出值用该物质最小检出值的一半填补，只用于 PCA。
R1_vs_Y4 两组学样本分布
注：左、中分别是该比较 6 个样本的转录组、代谢组 PCA；右为 Procrustes，实心点是转录组，空心点是代谢组，连线越短两组学越一致。只有 6 个样本，r 仅作描述。不同分组用不同颜色和形状。代谢物未检出值用该物质最小检出值的一半填补，只用于 PCA。
R1_vs_Y5 两组学样本分布
注：左、中分别是该比较 6 个样本的转录组、代谢组 PCA；右为 Procrustes，实心点是转录组，空心点是代谢组，连线越短两组学越一致。只有 6 个样本，r 仅作描述。不同分组用不同颜色和形状。代谢物未检出值用该物质最小检出值的一半填补，只用于 PCA。
R2_vs_Y1 两组学样本分布
注：左、中分别是该比较 6 个样本的转录组、代谢组 PCA；右为 Procrustes，实心点是转录组，空心点是代谢组，连线越短两组学越一致。只有 6 个样本，r 仅作描述。不同分组用不同颜色和形状。代谢物未检出值用该物质最小检出值的一半填补，只用于 PCA。
R2_vs_Y3 两组学样本分布
注：左、中分别是该比较 6 个样本的转录组、代谢组 PCA；右为 Procrustes，实心点是转录组，空心点是代谢组，连线越短两组学越一致。只有 6 个样本，r 仅作描述。不同分组用不同颜色和形状。代谢物未检出值用该物质最小检出值的一半填补，只用于 PCA。
R2_vs_Y4 两组学样本分布
注：左、中分别是该比较 6 个样本的转录组、代谢组 PCA；右为 Procrustes，实心点是转录组，空心点是代谢组，连线越短两组学越一致。只有 6 个样本，r 仅作描述。不同分组用不同颜色和形状。代谢物未检出值用该物质最小检出值的一半填补，只用于 PCA。
R2_vs_Y5 两组学样本分布
注：左、中分别是该比较 6 个样本的转录组、代谢组 PCA；右为 Procrustes，实心点是转录组，空心点是代谢组，连线越短两组学越一致。只有 6 个样本，r 仅作描述。不同分组用不同颜色和形状。代谢物未检出值用该物质最小检出值的一半填补，只用于 PCA。
R3_vs_Y1 两组学样本分布
注：左、中分别是该比较 6 个样本的转录组、代谢组 PCA；右为 Procrustes，实心点是转录组，空心点是代谢组，连线越短两组学越一致。只有 6 个样本，r 仅作描述。不同分组用不同颜色和形状。代谢物未检出值用该物质最小检出值的一半填补，只用于 PCA。
R3_vs_Y2 两组学样本分布
注：左、中分别是该比较 6 个样本的转录组、代谢组 PCA；右为 Procrustes，实心点是转录组，空心点是代谢组，连线越短两组学越一致。只有 6 个样本，r 仅作描述。不同分组用不同颜色和形状。代谢物未检出值用该物质最小检出值的一半填补，只用于 PCA。
R3_vs_Y4 两组学样本分布
注：左、中分别是该比较 6 个样本的转录组、代谢组 PCA；右为 Procrustes，实心点是转录组，空心点是代谢组，连线越短两组学越一致。只有 6 个样本，r 仅作描述。不同分组用不同颜色和形状。代谢物未检出值用该物质最小检出值的一半填补，只用于 PCA。
R3_vs_Y5 两组学样本分布
注：左、中分别是该比较 6 个样本的转录组、代谢组 PCA；右为 Procrustes，实心点是转录组，空心点是代谢组，连线越短两组学越一致。只有 6 个样本，r 仅作描述。不同分组用不同颜色和形状。代谢物未检出值用该物质最小检出值的一半填补，只用于 PCA。
R4_vs_Y1 两组学样本分布
注：左、中分别是该比较 6 个样本的转录组、代谢组 PCA；右为 Procrustes，实心点是转录组，空心点是代谢组，连线越短两组学越一致。只有 6 个样本，r 仅作描述。不同分组用不同颜色和形状。代谢物未检出值用该物质最小检出值的一半填补，只用于 PCA。
R4_vs_Y2 两组学样本分布
注：左、中分别是该比较 6 个样本的转录组、代谢组 PCA；右为 Procrustes，实心点是转录组，空心点是代谢组，连线越短两组学越一致。只有 6 个样本，r 仅作描述。不同分组用不同颜色和形状。代谢物未检出值用该物质最小检出值的一半填补，只用于 PCA。
R4_vs_Y3 两组学样本分布
注：左、中分别是该比较 6 个样本的转录组、代谢组 PCA；右为 Procrustes，实心点是转录组，空心点是代谢组，连线越短两组学越一致。只有 6 个样本，r 仅作描述。不同分组用不同颜色和形状。代谢物未检出值用该物质最小检出值的一半填补，只用于 PCA。
R4_vs_Y5 两组学样本分布
注：左、中分别是该比较 6 个样本的转录组、代谢组 PCA；右为 Procrustes，实心点是转录组，空心点是代谢组，连线越短两组学越一致。只有 6 个样本，r 仅作描述。不同分组用不同颜色和形状。代谢物未检出值用该物质最小检出值的一半填补，只用于 PCA。
R5_vs_Y1 两组学样本分布
注：左、中分别是该比较 6 个样本的转录组、代谢组 PCA；右为 Procrustes，实心点是转录组，空心点是代谢组，连线越短两组学越一致。只有 6 个样本，r 仅作描述。不同分组用不同颜色和形状。代谢物未检出值用该物质最小检出值的一半填补，只用于 PCA。
R5_vs_Y2 两组学样本分布
注：左、中分别是该比较 6 个样本的转录组、代谢组 PCA；右为 Procrustes，实心点是转录组，空心点是代谢组，连线越短两组学越一致。只有 6 个样本，r 仅作描述。不同分组用不同颜色和形状。代谢物未检出值用该物质最小检出值的一半填补，只用于 PCA。
R5_vs_Y3 两组学样本分布
注：左、中分别是该比较 6 个样本的转录组、代谢组 PCA；右为 Procrustes，实心点是转录组，空心点是代谢组，连线越短两组学越一致。只有 6 个样本，r 仅作描述。不同分组用不同颜色和形状。代谢物未检出值用该物质最小检出值的一半填补，只用于 PCA。
R5_vs_Y4 两组学样本分布
注：左、中分别是该比较 6 个样本的转录组、代谢组 PCA；右为 Procrustes，实心点是转录组，空心点是代谢组，连线越短两组学越一致。只有 6 个样本，r 仅作描述。不同分组用不同颜色和形状。代谢物未检出值用该物质最小检出值的一半填补，只用于 PCA。