相关热图与网络：完整技术报告
主要发现：全局 Tier1 网络有 99 条边，涉及 48 个基因和 43 个代谢物；连接最多的代谢物是 O-beta-D-Xylosylzeatin（12 个基因）。
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1 分析目的
把通过阈值的基因-代谢物配对以热图、网络和弦图展示，找出连接多的核心基因和代谢物（网络枢纽），并在样本层面查看它们的表达模式。
2 分析原理
相关热图：行为基因、列为代谢物，颜色是真实的 30 样本 Pearson r（不是只画显著值）。** 表示 Tier1，* 表示 Tier2，无标记表示未通过阈值，深灰表示未检验。
相关网络：节点为基因和代谢物，边为通过阈值的配对；节点度（degree）= 与该节点相连的边数，度高的节点可能是协调多个分子的枢纽。布局用 Fruchterman–Reingold 力导向算法，位置本身没有坐标含义。
弦图：取 |r| 最大的 60 对，用环形连线展示基因与代谢物的对应关系。联合表达热图：该比较 6 个样本中入选基因和代谢物的行 z-score。
选取规则：先选 Tier1，再按 max|r| × (连接数)1/4 排序，热图最多各 50 个基因和代谢物，网络最多 300 条边；全部节点和边写在数据表中。
3 输入数据及预处理
全局：全局 Tier1 配对（30 样本）。逐比较：该比较差异基因 × 差异代谢物中通过阈值的配对（相关值沿用 30 样本计算结果）。
4 软件、算法及参数
| 软件 / 函数 | 版本 | 用途与关键参数 |
|---|---|---|
| pheatmap | 1.0.13 | 热图 |
| igraph / ggraph | 2.3.4 / 2.2.2 | 网络构建与 FR 布局 |
| circlize | 0.4.18 | 弦图 |
5 统计指标解释
下表列出本页出现的全部统计指标和缩写（由页面内容自动生成）。全部术语见术语表。
| 术语 | 中文名 | 英文名 | 定义与读法 |
|---|---|---|---|
| log2FC | 以 2 为底的倍数变化对数 | log2 fold change | 两组均值之比取 log2。本报告统一为 log2(后一组/前一组)，比较名 A_vs_B 中 B 为后一组；log2FC=1 表示后一组是前一组的 2 倍，-1 表示一半。基因的 log2FC 来自服务商 DESeq2 结果；代谢物为两组原始强度均值之比。两组都未检出时没有 log2FC（记为 NA，不是 0）。 |
| FDR | 错误发现率 | false discovery rate | 多重检验校正指标，表示在所有判为显著的结果中，预期假阳性所占比例。本报告全部用 Benjamini–Hochberg 方法计算，检验范围在各分析中分别说明（如“该比较的全部配对”“全部可评估通路”）。 |
| NA | 缺失值 | not available | 没有数值。未检出、未检验或不可计算时记为 NA，不当作 0。 |
| z-score | 标准分数 | z-score | (x − 均值)/标准差，把不同量纲的数据转换为“偏离均值多少个标准差”。z=1 表示高于均值 1 个标准差。 |
| r | 相关系数 | correlation coefficient | 本报告中未特别说明时指 Pearson 积矩相关系数，范围 −1 到 1；正值表示同涨同落，负值表示此消彼长，绝对值越大线性关系越强。 |
| Pearson | 皮尔逊相关 | Pearson correlation | r = Σ(x−x̄)(y−ȳ) / √[Σ(x−x̄)²·Σ(y−ȳ)²]，衡量线性关系。显著性用 t = r·√[df/(1−r²)] 服从自由度 df 的 t 分布检验。 |
| r_all | 全样本相关 | correlation across all samples | 30 个样本上的 Pearson r（代谢物未检出的样本不参与），包含组间差异和组内个体差异两部分。 |
| r_within | 组内相关 | within-group correlation | 每个分子先减去所在组（10 组）的组均值，再对残差求 Pearson r。它只反映组内个体之间的共变，等价于以分组为协变量的偏相关。自由度 = 样本数 − 组数 − 1。 |
| fdr_all | 全样本相关的 FDR | FDR of r_all | r_all 的 BH 校正 P；全局分析在全部已检验配对内校正，逐比较在该比较的差异基因 × 差异代谢物配对内校正。 |
| fdr_within | 组内相关（或组内耦合）的 FDR | FDR of within-group correlation | 组内相关 P 值的 BH 校正值；通路活性页为组内置换 P 在全部可评估通路内的 BH 校正值。 |
| Tier1 | 一级证据配对 | Tier 1 pair | |r_all|≥0.8 且 FDR<0.05，同时组内相关 FDR<0.05 且与 r_all 同号。说明两者的关联在扣除组间差异后仍存在。 |
| Tier2 | 二级证据配对 | Tier 2 pair | 只满足 |r_all|≥0.8 且 FDR<0.05，组内相关不显著或方向不同，关联可能主要来自组间差异。 |
| KO | KEGG 直系同源编号 | KEGG Orthology | K 开头的编号，把不同物种的同功能基因归为一类，用于把基因映射到通路。 |
6 图表与结果展示
全局结果
- 目的
- 查看入选基因与代谢物之间的完整相关结构。
- 坐标轴
- 行为基因，列为代谢物，按相似性聚类。
- 颜色
- 颜色为真实 Pearson r，色标固定 −1 到 1，以 0 为中心；深灰=未检验。
- 点的形状与大小
- 无。
- 图例
- 右侧为色标。
- 显著性标记
- **=Tier1，*=Tier2。
- 数据筛选
- 全局 Tier1 优先，再按 |r| 和连接数选取，最多各 50 个。
- 样本与缺失值
- 代谢物未检出值不参与计算（记为 NA）。
- 如何阅读
- 颜色块状分布表示一组基因与一组代谢物同时相关；只有带星号的格子通过了阈值。
- 目的
- 展示组内也成立的全部全局配对。
- 坐标轴
- 无坐标轴，力导向布局。
- 颜色
- 边红=正相关、蓝=负相关；节点蓝=基因、橙=代谢物。
- 点的形状与大小
- 圆形=基因，方形=代谢物；大小为度。
- 图例
- 右侧。
- 显著性标记
- 只画 Tier1。
- 数据筛选
- 全部全局 Tier1 配对。
- 样本与缺失值
- 代谢物未检出值不参与计算（记为 NA）。
- 如何阅读
- Tier1 扣除了组间差异，是相关证据中最强的一类；小而分散的连通块提示局部的基因-代谢物对应关系。
表注：met_name、class1 代谢物名称和类别；ko、tf 为基因的 KO 和转录因子家族；r_all、fdr_all 为 30 样本相关和 FDR；r_within、fdr_within 为组内相关和 FDR；n_detected 为该代谢物检出样本数。
| gene | met_name | class1 | ko | tf | r_all | fdr_all | r_within | fdr_within | n_detected |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MSTRG.41858.3 | Miotoxin A | Lipid | -0.9937 | 3.89e-11 | -0.9865 | 0.01803 | 16 | ||
| Ac_DH066619_chr7_03967 | protogenkwanin 4'-O-(6-O-acetyl)-beta-D-glucoside | Ketones, Aldehydes,esters | K10573 | 0.9731 | 1.24e-14 | 0.9075 | 0.0172 | 30 | |
| MSTRG.6027.1 | Miotoxin A | Lipid | -0.9666 | 5.05e-07 | -0.9812 | 0.02985 | 16 | ||
| Ac_DH066619_chr7_03021 | protogenkwanin 4'-O-(6-O-acetyl)-beta-D-glucoside | Ketones, Aldehydes,esters | 0.9641 | 2.17e-13 | 0.8626 | 0.04884 | 30 | ||
| MSTRG.40803.10 | protogenkwanin 4'-O-(6-O-acetyl)-beta-D-glucoside | Ketones, Aldehydes,esters | 0.9581 | 1.05e-12 | 0.8847 | 0.02985 | 30 | ||
| MSTRG.67323.7 | Miotoxin A | Lipid | -0.9563 | 2.28e-06 | -0.9865 | 0.01803 | 16 | ||
| Ac_DH066619_chr7_02810 | protogenkwanin 4'-O-(6-O-acetyl)-beta-D-glucoside | Ketones, Aldehydes,esters | 0.953 | 3.46e-12 | 0.9594 | 0.000208 | 30 | ||
| Ac_DH066619_chr7_03675 | protogenkwanin 4'-O-(6-O-acetyl)-beta-D-glucoside | Ketones, Aldehydes,esters | 0.9404 | 4.48e-11 | 0.9463 | 0.000932 | 30 | ||
| Ac_DH066619_chr4_00337 | Methyl Propyl Disulfide | Others | -0.9325 | 1.73e-10 | -0.9183 | 0.01022 | 30 | ||
| Ac_DH066619_chr6_03591 | Kuromanin (Chloride) | Flavonoids | 0.9264 | 4.42e-10 | 0.8715 | 0.04075 | 30 | ||
| Ac_DH066619_chr4_03039 | 6-[2-(3,4-Dihydroxyphenyl)ethenyl]-4-hydroxy-2H-pyran-2-on… | Ketones, Aldehydes,esters | bHLH | -0.9255 | 5.09e-10 | -0.8718 | 0.04075 | 30 | |
| Ac_DH066619_chr5_00563 | 3-Thiomorpholinecarboxylic acid, 5-methyl-, 1-oxide | Amino acids | -0.9153 | 2.09e-09 | -0.8733 | 0.03912 | 30 | ||
| Ac_DH066619_chr4_03039 | (2S,E)-1-[5-Amino-1-(1,2,3,4-tetrahydro-5-hydroxymethyl-2,… | Nucleotides | bHLH | -0.9151 | 2.15e-09 | -0.895 | 0.02284 | 30 | |
| Ac_DH066619_chr6_00094 | Scopolamine Hbr Trihydrate | Alkaloids | -0.9111 | 3.57e-09 | -0.948 | 0.000932 | 30 | ||
| Ac_DH066619_chr7_02819 | Methyl Propyl Disulfide | Others | -0.9077 | 5.38e-09 | -0.8945 | 0.02284 | 30 | ||
| Ac_DH066619_chr1_06011 | ethylidene-aloenin | Polyphenols | -0.9048 | 7.58e-09 | -0.8807 | 0.03489 | 30 | ||
| Ac_DH066619_chr2_00866 | Scopolamine | Alkaloids | -0.9026 | 9.72e-09 | -0.906 | 0.0172 | 30 | ||
| Ac_DH066619_chr5_05136 | Safflower Yellow | Flavonoids | LOB | 0.8961 | 1.71e-05 | 0.9755 | 0.027 | 20 | |
| Ac_DH066619_chr3_05318 | Benfotiamine | Alkaloids | -0.8929 | 2.76e-08 | -0.8634 | 0.04884 | 30 | ||
| Ac_DH066619_chr2_00866 | (2S,E)-1-[5-Amino-1-(1,2,3,4-tetrahydro-5-hydroxymethyl-2,… | Nucleotides | -0.8915 | 3.18e-08 | -0.862 | 0.04941 | 30 | ||
| Ac_DH066619_chr4_03039 | 3,3',4',5,7,8-Hexahydroxyflavone; 3-O-[α-L-Rhamnopyranosyl… | Flavonoids | bHLH | -0.8899 | 3.74e-08 | -0.8914 | 0.02541 | 30 | |
| Ac_DH066619_chr1_03965 | (2R)-2,5-dimethyldodecanoic acid | Lipid | 0.889 | 4.07e-08 | 0.9019 | 0.01803 | 30 | ||
| Ac_DH066619_chr4_03039 | Scopolamine | Alkaloids | bHLH | -0.8877 | 4.63e-08 | -0.8892 | 0.02727 | 30 | |
| Ac_DH066619_chr5_03686 | Mearnsitrin | Flavonoids | -0.8871 | 4.93e-08 | -0.8693 | 0.04324 | 30 | ||
| Ac_DH066619_chr5_03686 | Isorhamnetin-3-O-Glucoside | Flavonoids | -0.8848 | 6.15e-08 | -0.8951 | 0.02284 | 30 | ||
| Ac_DH066619_chr4_03039 | Palustroside+ | Coumarins | bHLH | -0.8821 | 7.93e-08 | -0.8949 | 0.02284 | 30 | |
| Ac_DH066619_chr3_00736 | Potassium alginate | Others | K07766 | -0.882 | 8e-08 | -0.8912 | 0.02552 | 30 | |
| Ac_DH066619_chr7_02768 | 4-Hydroxyphenylacetic Acid | Polyphenols | -0.8801 | 9.46e-08 | -0.8791 | 0.03497 | 30 | ||
| Ac_DH066619_chr1_03965 | 2-HEXADECENE-1,15-DIOL, 3-(HYDROXYMETHYL)-7,11,15-TRIMETHY… | Terpenoids | 0.879 | 1.05e-07 | 0.8927 | 0.02427 | 30 | ||
| Ac_DH066619_chr7_02819 | Scopolamine Hbr Trihydrate | Alkaloids | -0.8782 | 1.12e-07 | -0.9344 | 0.002555 | 30 | ||
| Ac_DH066619_chr4_00337 | Potassium alginate | Others | -0.8765 | 1.3e-07 | -0.8987 | 0.02007 | 30 | ||
| Ac_DH066619_chr5_03686 | L-Tyrosine,3-hydroxy-L-tyrosyl-L-asparaginyl-, cyclic (13&… | Amino acids | -0.8752 | 1.46e-07 | -0.8685 | 0.04372 | 30 | ||
| Ac_DH066619_chr7_02819 | Potassium alginate | Others | -0.8738 | 1.66e-07 | -0.8706 | 0.0414 | 30 | ||
| Ac_DH066619_chr7_03680 | protogenkwanin 4'-O-(6-O-acetyl)-beta-D-glucoside | Ketones, Aldehydes,esters | 0.8737 | 1.67e-07 | 0.8847 | 0.02985 | 30 | ||
| Ac_DH066619_chr3_00736 | Methyl Propyl Disulfide | Others | K07766 | -0.8735 | 1.7e-07 | -0.8668 | 0.04524 | 30 | |
| Ac_DH066619_chr8_00121 | Miotoxin A | Lipid | K13464 | -0.8728 | 0.000607 | -0.9865 | 0.01803 | 16 | |
| Ac_DH066619_chr7_02768 | Osmundacetone | Phenylpropanoids | -0.8712 | 2.07e-07 | -0.8835 | 0.03087 | 30 | ||
| Ac_DH066619_chr5_03686 | Acylsucroses; 6-O-(4-Hydroxy-3-methoxybenzoyl) | Polyphenols | -0.8707 | 2.14e-07 | -0.8691 | 0.04334 | 30 | ||
| Ac_DH066619_chr7_02819 | Prim-O-Glucosylcimifugin | Sugars | -0.8707 | 2.15e-07 | -0.8994 | 0.02002 | 30 | ||
| Ac_DH066619_chr6_00764 | Scopolamine Hbr Trihydrate | Alkaloids | -0.8685 | 2.59e-07 | -0.9144 | 0.01094 | 30 | ||
| Ac_DH066619_chr2_00866 | 3,3',4',5,7,8-Hexahydroxyflavone; 3-O-[α-L-Rhamnopyranosyl… | Flavonoids | -0.8683 | 2.62e-07 | -0.8729 | 0.03912 | 30 | ||
| Ac_DH066619_chr7_02818 | O-beta-D-Xylosylzeatin | Others | -0.8683 | 2.63e-07 | -0.8691 | 0.04334 | 30 | ||
| Ac_DH066619_chr4_03039 | Scopolamine Hbr | Alkaloids | bHLH | -0.8677 | 2.76e-07 | -0.8857 | 0.02957 | 30 | |
| Ac_DH066619_chr4_03039 | Hyoscine Hydrochloride | Alkaloids | bHLH | -0.8671 | 2.89e-07 | -0.8785 | 0.03507 | 30 | |
| Ac_DH066619_chr8_02108 | Arbutin | Polyphenols | K00799 | -0.8667 | 2.98e-07 | -0.8685 | 0.04372 | 30 | |
| Ac_DH066619_chr4_00720 | ethylidene-aloenin | Polyphenols | 0.8662 | 3.13e-07 | 0.8704 | 0.04156 | 30 | ||
| Ac_DH066619_chr7_02818 | ethylidene-aloenin | Polyphenols | -0.866 | 3.16e-07 | -0.8679 | 0.04388 | 30 | ||
| Ac_DH066619_chr6_00764 | O-beta-D-Xylosylzeatin | Others | -0.8659 | 3.2e-07 | -0.8764 | 0.03657 | 30 | ||
| Ac_DH066619_chr1_03965 | 2-(Menthoxy)ethanol | Terpenoids | 0.8644 | 3.6e-07 | 0.8806 | 0.03489 | 30 | ||
| Ac_DH066619_chr7_02768 | 3-(2-Carboxyvinyl)-5-(4-hydroxyphenyl)-4-oxo-4H-pyran-2-ca… | Ketones, Aldehydes,esters | -0.8637 | 3.8e-07 | -0.8621 | 0.04928 | 30 | ||
| Ac_DH066619_chr6_02781 | Methyl Propyl Disulfide | Others | K13508 | -0.8611 | 4.66e-07 | -0.8623 | 0.04916 | 30 | |
| Ac_DH066619_chr6_04189 | Methyl Propyl Disulfide | Others | -0.8607 | 4.82e-07 | -0.8685 | 0.04372 | 30 | ||
| Ac_DH066619_chr3_03799 | (2R)-2,5-dimethyldodecanoic acid | Lipid | K15015 | -0.8598 | 5.16e-07 | -0.8666 | 0.04532 | 30 | |
| MSTRG.11269.2 | O-beta-D-Xylosylzeatin | Others | -0.8591 | 5.43e-07 | -0.8638 | 0.04865 | 30 | ||
| Ac_DH066619_chr7_02819 | O-beta-D-Xylosylzeatin | Others | -0.8583 | 5.77e-07 | -0.8868 | 0.02827 | 30 | ||
| Ac_DH066619_chr7_02818 | 4H-1-Benzopyran-4-one,3-[[6-O-(6-deoxy-a-L-mannopyranosyl)… | Flavonoids | -0.8578 | 6.01e-07 | -0.8704 | 0.04156 | 30 | ||
| Ac_DH066619_chr2_04998 | ethylidene-aloenin | Polyphenols | -0.8551 | 7.34e-07 | -0.8685 | 0.04372 | 30 | ||
| Ac_DH066619_chr2_00884 | Scopolamine Hbr Trihydrate | Alkaloids | -0.8549 | 7.41e-07 | -0.8924 | 0.02427 | 30 | ||
| Ac_DH066619_chr3_00736 | O-beta-D-Xylosylzeatin | Others | K07766 | -0.8538 | 8.07e-07 | -0.8881 | 0.02764 | 30 | |
| Ac_DH066619_chr1_03965 | Juniperic acid | Organic Acid | 0.8534 | 8.29e-07 | 0.8989 | 0.02003 | 30 | ||
| Ac_DH066619_chr1_03965 | 14-Hydroxytetradecanoic acid | Lipid | 0.8499 | 1.07e-06 | 0.8898 | 0.0271 | 30 | ||
| Ac_DH066619_chr7_02818 | Scopolamine Hbr Trihydrate | Alkaloids | -0.8462 | 1.38e-06 | -0.8876 | 0.02827 | 30 | ||
| Ac_DH066619_chr4_02817 | Dl-Tryptophan | Amino acids | 0.8452 | 1.47e-06 | 0.8626 | 0.04884 | 30 | ||
| Ac_DH066619_chr7_02768 | (2S,E)-1-[5-Amino-1-(1,2,3,4-tetrahydro-5-hydroxymethyl-2,… | Nucleotides | -0.845 | 1.49e-06 | -0.8897 | 0.0271 | 30 | ||
| Ac_DH066619_chr4_00337 | O-beta-D-Xylosylzeatin | Others | -0.8447 | 1.53e-06 | -0.877 | 0.03622 | 30 | ||
| Ac_DH066619_chr5_04987 | protogenkwanin 4'-O-(6-O-acetyl)-beta-D-glucoside | Ketones, Aldehydes,esters | Trihelix | -0.843 | 1.71e-06 | -0.8746 | 0.03826 | 30 | |
| Ac_DH066619_chr1_03965 | 10, 18-Dihydroxyoctadecanoic acid | Lipid | 0.8428 | 1.73e-06 | 0.8996 | 0.02002 | 30 | ||
| Ac_DH066619_chr5_03686 | 3,3',4',5,7-Pentahydroxyflavanone; (2R,3R)-form, 3-O-(4-O-… | Flavonoids | -0.8414 | 1.9e-06 | -0.8684 | 0.04373 | 30 | ||
| Ac_DH066619_chr6_02781 | Potassium alginate | Others | K13508 | -0.8408 | 1.97e-06 | -0.8823 | 0.03265 | 30 | |
| Ac_DH066619_chr6_00764 | 4H-1-Benzopyran-4-one,3-[[6-O-(6-deoxy-a-L-mannopyranosyl)… | Flavonoids | -0.8405 | 2.01e-06 | -0.8848 | 0.02985 | 30 | ||
| Ac_DH066619_chr7_02768 | (20R)-Ginsenoside Rh1 | Terpenoids | -0.8393 | 2.18e-06 | -0.8653 | 0.04627 | 30 | ||
| Ac_DH066619_chr6_01226 | Methyl Propyl Disulfide | Others | -0.838 | 2.36e-06 | -0.8799 | 0.03489 | 30 | ||
| Ac_DH066619_chr5_03628 | O-beta-D-Xylosylzeatin | Others | MYB-related | -0.8377 | 2.41e-06 | -0.8785 | 0.03507 | 30 | |
| Ac_DH066619_chr8_00142 | Vasicine | Alkaloids | K13464 | -0.8364 | 2.62e-06 | -0.8665 | 0.04532 | 30 | |
| Ac_DH066619_chr6_02781 | O-beta-D-Xylosylzeatin | Others | K13508 | -0.8291 | 4.13e-06 | -0.8976 | 0.02081 | 30 | |
| Ac_DH066619_chr4_03039 | N-[2,5-Dihydro-3-(hydroxymethyl)-2-furanyl]-4-hydroxygluta… | Others | bHLH | -0.8272 | 4.64e-06 | -0.9019 | 0.01803 | 30 | |
| Ac_DH066619_chr4_00337 | Prim-O-Glucosylcimifugin | Sugars | -0.8269 | 4.71e-06 | -0.9056 | 0.0172 | 30 | ||
| Ac_DH066619_chr3_03799 | 2-HEXADECENE-1,15-DIOL, 3-(HYDROXYMETHYL)-7,11,15-TRIMETHY… | Terpenoids | K15015 | -0.8253 | 5.16e-06 | -0.8826 | 0.03217 | 30 | |
| Ac_DH066619_chr4_00720 | N-[2,5-Dihydro-3-(hydroxymethyl)-2-furanyl]-4-hydroxygluta… | Others | 0.8249 | 5.29e-06 | 0.8618 | 0.04956 | 30 | ||
| Ac_DH066619_chr3_03799 | 10, 18-Dihydroxyoctadecanoic acid | Lipid | K15015 | -0.8242 | 5.54e-06 | -0.8642 | 0.04798 | 30 | |
| Ac_DH066619_chr6_00907 | Scopolamine Hbr | Alkaloids | -0.822 | 6.27e-06 | -0.8867 | 0.02827 | 30 | ||
| Ac_DH066619_chr6_00907 | Scopolamine | Alkaloids | -0.8219 | 6.32e-06 | -0.864 | 0.04828 | 30 | ||
| Ac_DH066619_chr7_02768 | 3,3',4',5,7,8-Hexahydroxyflavone; 3-O-[α-L-Rhamnopyranosyl… | Flavonoids | -0.8213 | 6.53e-06 | -0.8841 | 0.03039 | 30 | ||
| Ac_DH066619_chr2_04998 | O-beta-D-Xylosylzeatin | Others | -0.8212 | 6.58e-06 | -0.8699 | 0.04235 | 30 | ||
| Ac_DH066619_chr7_03876 | O-beta-D-Xylosylzeatin | Others | K22139 | -0.8159 | 8.82e-06 | -0.8772 | 0.03616 | 30 | |
| Ac_DH066619_chr2_05147 | O-beta-D-Xylosylzeatin | Others | -0.8156 | 8.99e-06 | -0.8619 | 0.04943 | 30 | ||
| Ac_DH066619_chr3_03799 | Juniperic acid | Organic Acid | K15015 | -0.8152 | 9.18e-06 | -0.8729 | 0.03912 | 30 | |
| Ac_DH066619_chr7_02768 | Palustroside+ | Coumarins | -0.8149 | 9.32e-06 | -0.8945 | 0.02284 | 30 | ||
| Ac_DH066619_chr6_00094 | 4H-1-Benzopyran-4-one,3-[[6-O-(6-deoxy-a-L-mannopyranosyl)… | Flavonoids | -0.8106 | 1.17e-05 | -0.8626 | 0.04884 | 30 | ||
| Ac_DH066619_chr5_04822 | Picropodophyllol | Lignans | K02266 | -0.8092 | 1.26e-05 | -0.8656 | 0.04556 | 30 | |
| Ac_DH066619_chr4_00629 | 5'-Inosinic acid,5'-thio- (9CI) | Nucleotides | K09285 | -0.809 | 1.28e-05 | -0.8677 | 0.04388 | 30 | |
| Ac_DH066619_chr5_03628 | Prim-O-Glucosylcimifugin | Sugars | MYB-related | -0.8079 | 1.35e-05 | -0.8945 | 0.02284 | 30 | |
| Ac_DH066619_chr6_04189 | O-beta-D-Xylosylzeatin | Others | -0.807 | 1.42e-05 | -0.885 | 0.02985 | 30 | ||
| Ac_DH066619_chr8_02695 | 4-({[4-({[(2S)-5-amino-3,4-dihydro-2H-pyrrol-2-yl]carbonyl… | Others | 0.8065 | 1.46e-05 | 0.9052 | 0.0172 | 30 | ||
| Ac_DH066619_chr1_02556 | 2-HEXADECENE-1,15-DIOL, 3-(HYDROXYMETHYL)-7,11,15-TRIMETHY… | Terpenoids | AP2/ERF-ERF | 0.8063 | 1.47e-05 | 0.8629 | 0.04884 | 30 | |
| Ac_DH066619_chr2_04534 | Miotoxin A | Lipid | -0.8048 | 0.004503 | -0.9865 | 0.01803 | 16 | ||
| Ac_DH066619_chr3_00073 | Pyridoxine 5'-β-D-Glucoside | Sugars | 0.8047 | 1.6e-05 | 0.8623 | 0.04916 | 30 | ||
| Ac_DH066619_chr7_03876 | Prim-O-Glucosylcimifugin | Sugars | K22139 | -0.8038 | 1.67e-05 | -0.8753 | 0.03746 | 30 | |
| Ac_DH066619_chr6_02781 | Prim-O-Glucosylcimifugin | Sugars | K13508 | -0.8031 | 1.73e-05 | -0.8624 | 0.04916 | 30 |
各比较结果
左侧选择比较。比较名 A_vs_B 中 log2FC = log2(B/A)。
7 结果描述
全局 Tier1 网络。99 条边中正相关占 20.2%。连接最多的基因有 8 个代谢物伙伴（Ac_DH066619_chr4_03039）；连接最多的代谢物为 O-beta-D-Xylosylzeatin（12 个基因）和 protogenkwanin 4'-O-(6-O-acetyl)-beta-D-glucoside（7 个）。Tier1 代谢物中最多的类别是 Flavonoids（7 个）。Tier1 基因中有 KO 注释的占 20.8%，注释为转录因子的有 5 个。
逐比较。各比较的热图、网络、弦图和联合表达热图在下方选择；5 个比较没有通过阈值的配对，显示为空图。
8 生物学意义
数据支持的观察
Tier1 网络是由若干小的连通块组成的稀疏网络，而不是一个以少数枢纽为中心的大网络；这与“扣除组间差异后只剩局部、具体的关联”相符。
需要进一步验证的假设
连接多个基因的代谢物（如上述节点）可能处在受多基因调控的代谢节点上，或者其含量对个体状态敏感；与之相连的有 KO 注释的基因是优先验证对象。这些仍是统计关联，需要生化证据。
9 局限性
网络图只画排名靠前的边，图上的度与全表中的度可能不同（以数据表为准）。度高的节点可能只是变化大、与很多分子同时受组间差异驱动，并不一定是调控枢纽。
参考文献
- Cavill R, Jennen D, Kleinjans J, Briedé JJ. Transcriptomic and metabolomic data integration. Briefings in Bioinformatics, 2016, 17(5): 891–901.