转录组与代谢组联合分析结题报告

项目编号：TSE20260907-0531-00006　转录组 + 代谢组，R/Y 两处理 × 5 水平 × 3 重复

30样本（10 组 × 3 重复）

45比较组

6,801单比较最多差异基因

237单比较最多差异代谢物

880KEGG 着色通路图

207,228高相关基因-代谢物对

主要结果

结果	证据强度	详情
两组学的样本结构整体一致 Procrustes r=0.818（P=0.001）；扣除组均值后组内 Mantel r=0.569（P=0.018）。	较强	查看
处理（R/Y）是最大的变异来源，水平的影响主要出现在 4、5 MOFA 第 1 因子对应处理，解释基因 41%、代谢物 46% 的方差；DIABLO 区分 R/Y 的留一法错误率为 0%。同水平 R vs Y 有 2,389–5,325 个差异基因；水平 1–3 之间只有 3–26 个。	较强	查看
类黄酮生物合成是最突出的联合通路 15 个比较联合显著，6 个比较两组学共富集，综合评分第一。同水平比较中，DFR 基因 chr7_00763 的 log2FC 为 -8.3～-1.6，(-)-表没食子儿茶素为 -5.5～-3.6，都是 Y 低于 R。该代谢物的鉴定仍需标准品确认。通路活性耦合 r=0.46（FDR=0.10），未达显著；组内 r=0.07，说明这一关联主要来自组间差异。	中等	查看
大部分高相关配对由组间差异带动 207,228 对通过主筛选，其中组内同样成立的 Tier1 只有 96 对。优先使用 Tier1，其余配对只代表组间共变。5 个比较没有通过阈值的配对。	较强	查看
已知酶-代谢物配对的方向一致性整体不高 39 个比较有已知配对，不可逆反应方向一致比例中位数 0.55，只有 4/45 个比较的置换 P<0.05。基因水平变化不能直接推断代谢物水平；GSEA 中两组学同向显著也只有 1 例。	提示性	查看
转录因子调控只给出候选 17,858 个 TF-基因-代谢物三元组，其中 17,807 个的基因-代谢物属于 KEGG 已知反应，130 个有中介提示（控制基因后 TF-代谢物相关明显下降）。	候选	查看
样本 R12 与 R13 建议核对交换这两个样本后组内 Mantel r 提高 0.095，次高的一对只提高 0.028。本报告未改动标签。	提示性	查看

比较组结果

45 个比较的联合结果汇总（点比较名进入）下载全表

comparison	category	met_source	gene_total	met_total	co_mapped	co_enriched	joint_sig	tier1	tier2	known_pairs	consistent_rate	gsea_both_same	procrustes_r
R1_vs_Y1	A_同水平处理间	vendor	2798	75	14	0	2	2	28626	16	0.8571	0	0.7357
R2_vs_Y2	A_同水平处理间	vendor	2389	103	13	1	2	15	39672	18	0.5263	0	0.767
R3_vs_Y3	A_同水平处理间	vendor	3043	124	14	0	1	3	53664	13	0.375	0	0.8368
R4_vs_Y4	A_同水平处理间	vendor	4222	150	24	0	0	24	80449	24	0.65	0	0.7215
R5_vs_Y5	A_同水平处理间	vendor	5325	231	29	1	0	12	97726	65	0.5574	0	0.8152
R1_vs_R2	B_R组内跨水平	vendor	9	9	0	0	0	0	0	0		0	0.6607
R1_vs_R3	B_R组内跨水平	vendor	3	10	0	0	0	0	0	0		0	0.7407
R1_vs_R4	B_R组内跨水平	vendor	2173	58	8	0	1	0	1003	6	0.2	0	0.7972
R1_vs_R5	B_R组内跨水平	vendor	5034	65	21	0	1	365	3379	19	0.3636	0	0.8544
R2_vs_R3	B_R组内跨水平	vendor	9	12	0	0	0	0	0	0		0	0.9115
R2_vs_R4	B_R组内跨水平	vendor	1909	51	8	0	0	13	664	7	0.2	0	0.8547
R2_vs_R5	B_R组内跨水平	vendor	4561	69	14	0	0	287	3542	13	0.2222	0	0.7779
R3_vs_R4	B_R组内跨水平	vendor	3200	99	21	0	4	0	2130	19	0.2857	0	0.8784
R3_vs_R5	B_R组内跨水平	vendor	5456	96	26	0	0	268	5550	34	0.5	0	0.8281
R4_vs_R5	B_R组内跨水平	vendor	1058	35	8	1	2	0	116	7	0.5	0	0.6764
Y1_vs_Y2	C_Y组内跨水平	vendor	4	11	0	0	0	0	1	0		0	0.787
Y1_vs_Y3	C_Y组内跨水平	vendor	26	19	1	0	0	0	0	0		0	0.856
Y1_vs_Y4	C_Y组内跨水平	vendor	1222	76	33	0	0	137	337	16	0.7333	0	0.9226
Y1_vs_Y5	C_Y组内跨水平	vendor	2086	110	25	0	0	0	712	24	0.7619	0	0.8863
Y2_vs_Y3	C_Y组内跨水平	vendor	3	12	0	0	0	0	0	0		0	0.8409
Y2_vs_Y4	C_Y组内跨水平	vendor	974	102	19	0	0	69	393	6	0.8333	0	0.9443
Y2_vs_Y5	C_Y组内跨水平	vendor	2378	106	14	0	0	5	905	14	0.5385	0	0.7576
Y3_vs_Y4	C_Y组内跨水平	vendor	499	103	25	0	4	1	185	4	0	0	0.9122
Y3_vs_Y5	C_Y组内跨水平	vendor	2349	125	22	0	5	5	1091	48	0.5833	0	0.8382
Y4_vs_Y5	C_Y组内跨水平	vendor	1204	30	5	1	0	0	178	4	0	0	0.8228
R1_vs_Y2	D_跨水平跨处理	pipeline	2566	84	12	1	2	14	30808	1	1	0	0.6665
R1_vs_Y3	D_跨水平跨处理	pipeline	2837	93	13	1	2	5	39405	3		0	0.7564
R1_vs_Y4	D_跨水平跨处理	pipeline	3913	84	33	0	2	52	21681	16	0.3333	0	0.9349
R1_vs_Y5	D_跨水平跨处理	pipeline	5791	142	32	0	3	0	29352	44	0.5455	0	0.8369
R2_vs_Y1	D_跨水平跨处理	pipeline	2602	77	10	1	2	4	35020	13	0.8333	0	0.9329
R2_vs_Y3	D_跨水平跨处理	pipeline	2660	119	26	1	2	10	49950	13	0.5556	1	0.9786
R2_vs_Y4	D_跨水平跨处理	pipeline	3965	98	16	0	1	1	29967	22	0.6316	0	0.9177
R2_vs_Y5	D_跨水平跨处理	pipeline	5683	165	31	0	1	0	36236	54	0.64	0	0.9187
R3_vs_Y1	D_跨水平跨处理	pipeline	3348	82	12	0	2	2	39165	22	0.4545	0	0.8847
R3_vs_Y2	D_跨水平跨处理	pipeline	2887	108	13	0	0	3	43014	12	0.6667	0	0.8425
R3_vs_Y4	D_跨水平跨处理	pipeline	4615	134	38	0	2	5	31698	52	0.3864	0	0.8635
R3_vs_Y5	D_跨水平跨处理	pipeline	6801	203	29	0	3	0	38983	80	0.4789	0	0.95
R4_vs_Y1	D_跨水平跨处理	pipeline	4885	197	31	0	3	14	86590	60	0.6279	0	0.9379
R4_vs_Y2	D_跨水平跨处理	pipeline	4818	209	30	0	1	55	88974	31	0.5385	0	0.9496
R4_vs_Y3	D_跨水平跨处理	pipeline	4929	237	41	0	2	17	102415	46	0.3529	0	0.9188
R4_vs_Y5	D_跨水平跨处理	pipeline	4263	228	32	0	1	22	85944	42	0.5789	0	0.8031
R5_vs_Y1	D_跨水平跨处理	pipeline	6155	178	36	0	1	24	96989	71	0.5882	0	0.8227
R5_vs_Y2	D_跨水平跨处理	pipeline	6329	204	37	0	0	23	102010	41	0.6	0	0.8259
R5_vs_Y3	D_跨水平跨处理	pipeline	6399	236	37	0	0	20	113190	74	0.6981	0	0.9311
R5_vs_Y4	D_跨水平跨处理	pipeline	5959	161	27	0	0	10	88301	26	0.6667	0	0.7428

转录组与代谢组联合分析结题报告

主要结果

比较组结果

主要结果怎么读

证据强度

解读原则

45 个比较的联合结果汇总（点比较名进入）

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